وكان الشيخ المفيد (أبو عبد الله ، محمد بن محمد بن النعمان 338 هـ ـ‌ 413 هـ) تلميذاً لإبن الجنيد . قال النجاشي عن ابن الجنيد "وجه في أصحابنا ، ثقة جليل القدر ، وله كتاب ... كتاب كشف التمويه والإلباس على إغمار الشيعة في أمر القياس"[15] . وكان الشيخ المفيد حَسَنَ الظنٍّ بالعُمَاني وابن الجنيد ، فتابع طريقتهما ، ومنه تَسَرَّى ذلك إلى طلابه الذين تخرجوا عليه كالسيد المرتضى . ومن أعلام هذه الفترة أبو منصور الصرام النيشابوري المتكلّم المشهور صاحب كتاب بـيان الدين في الأصول ، وله كتاب في إبطال القياس ، ذكره الشيخ في الفهرست والسيد الصدر في التأسيس 312 . ومنهم محمد بن أحمد بن داوود بن عليّ (ت 361 هـ) ، قال عنه النجاشي "شيخ هذه الطائفة وعالمها وشيخ القميين في وقته ... صنّف كتباً ... كتاب الحديثين ، وهو مبحث التعارض في الأصول" . ومنهم الشيخ المفيد (ت 413 هـ) محمد بن محمد بن النعمان ، قال عنه النجاشي "شيخنا وأستاذنا رضي الله عنه ، فضلُه أشهرُ مِن أن يُذكر ... له كتب ... كتاب أصول الفقه" ، قال عنه السيد حسن الصدر "تامّ المباحث مع صغر حجمه ..." .

وانـتهت هذه المرحلة بوفاة السيد المرتضى سنة 436 هـ ق والذي قال عنه النجاشي "حاز من العلوم ما لم يدانه فيه أحدٌ في زمانه ... صنّف كتباً منها ... كتاب الخلاف في أصول الفقه ... كتاب الذريعة إلى أصول الشريعة" ، وقال عنه السيد الصدر "كان هذا الكتاب (الذريعة) هو المرجع الوحيد في هذا العلم والذي يقرؤه الناس إلى زمان المحقّق نجم الدين الحلّي ، فلمّا صَنَّف (المعارج) وكان كتابُه سهلَ العبارة والمأخذِ عكفت الطلبةُ عليه" .

(المرحلة الثالثة من سنة 436 ـ 1031 هـ ق)

بدأت المرحلة الثالثة من عصور علم الاُصول حين استلم الشيخ الطوسي مرجعيّةَ الطائفة في سنة 436 هـ ، فكان له الفضلُ في تأسيس هذا العلم بشكل مستـقلّ وجيّد في كتابه (عِدّة الاُصول) ، وإن كان واضعُ حجرِ البناءِ الأوّلِ غيرَه ، وكان السببُ في بزوغ هذا العلم بذلك التطوّرِ زيادةَ تـفريع الفروع في زمان الشيخ الطوسي وظهورَ قواعدَ كانوا يَرْجِعون إليها في تلك الفروع ، وكان لا بدّ من تحقيق هذه القواعد في عِلْمٍ مستـقلّ لكثرة البحث فيها ، فجعلوها في عِلْمٍ خاص أسمَوه (علم الاُصول) .

[15] رجال النجاشي 385 و 387 رقم 1047 .