تعليقات او بر حكمت اشراق كه علاوه بر بيان مشكلات حكمت ذوقى و كشفى و تقرير مبانى شيخ اشراق و تتميم نواقص اين حكمت، [1] مشتمل است بر دفع كثيرى از مناقشات و ايرادات شيخ اشراق بر مبانى حكماى مشاء و بيان تحقيقات و اظهار انظار عاليه، در مقام تحكيم كثيرى از مبانى اتباع معلم اوّل و طالبان حكمت نظرى. به همين مناسبات برخى از ابناى تحقيق و جمعى از ارباب تحصيل گفته‌اند: صدر المتألهين در حكمت نظرى بزرگترين فيلسوف مشايى و در حكمت ذوقى محقق‌تر و راسختر از شيخ اشراق و در عرفانيات و كشفيات ان قلت:

انه بايزيد وقته لم تأت بغريب و در فن حديث و تفسير استاد ماهر و محدث و مفسّر كبير و عظيم الشأن است.

روش ملا صدرا در تحرير مباحث علمى‌

سبك نوشته‌هاى ملا صدرا و طرز تحقيقات او به كلى از تحقيقات و تحريرات ساير فلاسفه ممتاز است و كسى كه به مذاق و مشرب او وارد و با افكار و عقائد او انس گرفته باشد، مى‌تواند كلمات و مطالب و تحقيقات خاص او را از تحقيق و مطلب و كلام ديگران جدا نمايد و اين يكى از امتيازات خاص ملا صدرا است و تمام كسانى كه در مقام قدح او بر آمده‌اند و به يكى از طرقى كه ذكر كرديم، خواسته‌اند او را كوچك نمايند، يا اصلا از فلسفه سر در نمى‌آورند

يكى از محشين شفا (جمال الدين محمد رضوى) كه از فضلا و مدرسين دوره صفوى است، گويد:

«ان كتاب الشفاء مع علو شأنه و قدره و دقة مسلكه ... لم يطلع على شرح له يكشف عن وجوه فوائده ...

غير حواشى التى كتبها العلامة المحقق و الفيلسوف المتأله آية اللّه العظمى و ... العقل الحادي عشر، صدر الملة و الدين محمد الشيرازى ...».

[1]چون كثيرى از مبانى شيخ اشراق احتياج به تتميم قواعد اشراق دارد و همين نواقص باعث عدم رواج اين حكمت بود و شيخ با آن‌همه عظمت، نتوانست مباحث مهم ذوقى را رواج كامل بدهد؛ به همين مناسبت كلمات او مصون از مناقشات و ايراد اتباع مشاء نماند و اين ملا صدرا بود كه مبانى او را به كرسى تحقيق نشاند، به نحوى كه مورد قبول طالبان حكمت و معرفت قرار گرفت، مثل مسأله مثل نورى و مبحث عالم مثال و برزخ و مباحث مربوط به علم حق و نشئات بعد از موت و بحث جواز يا عدم جواز تشكيك در ذاتيات و غير اينها از امهات مباحث فلسفى.