اعتمدنا في عملنا على مخطوطة ومطبوعتين ، هي :

١ ـ النسخة المخطوطة : وهي التي أتحفنا بها نجل المؤلّف الأستاذ الدكتور محمود المظفّر ـ حفظه الله تعالى ـ ، دوّنها الشيخ المصنّف قدس‌سره بخطّه الشريف ، وهي كاملة المحتوى ، واضحة الخطّ ، كتبت عناوينها بشكل بارز ، ويشاهد فيها بعض التصحيحات والتعليقات كتبها الشيخ المؤلّف رحمه‌الله في الحاشية.

وتتألّف هذه النسخة من ثلاثة أجزاء ، وقع الفراغ منها في ٢٩ ربيع الآخر ١٣٥٠ ه‌ ، تضمّنت هذه الأجزاء أصول الدين ، ولم يتعرّض فيها إلى أصول الفقه وفروعه في ردّه على ابن روزبهان ، وقد أشار إلى سبب ذلك بقوله : « وليقف إلى هنا جواد القلم ، فإنّ أصول الدين هي الأصل ، فإن وفّق الله سبحانه الناظر في هذا الكتاب لاتّباع الحقّ فهو في غنى عن الكلام في أصول الفقه وفروعه ، وإلّا فهو بعيد عن الهداية ، وعسانا إذا سنحت الفرصة نتمّ الكتاب ، والله هو الموفّق ».

وذكر الشيخ المظفّر قدس‌سره في خاتمة الكتاب منهجيّته في النقل من كتب أهل السنّة ، فقد قال فيها :

« خاتمة : نقدّم فيها العذر لإخواننا الكرام عن قلّة ما ننقل من كتب أهل السنّة ، فنقول :

أنت تعلم أنّ النجف الأشرف بلدة إمامية ، ولا حاجة لأهلها في اقتناء كتب القوم ، ولكن قد توجد في بعض المكتبات ، وأنا بالخصوص لا أملك شيئا منها سوى كنز العمّال في أثناء تأليفي لهذا الكتاب ، وما كنت أعرف