مخالفان در آوردن چيزى مانند قرآن را نه به خاطر وجود ويژگى در خود قرآن، بلكه به خاطر تصرف خداوند در قواى شخص مخالف و در نتيجه منصرف و ناتوان كردن او از مانندآورى مى‌داند.

آيت‌الله معرفت به اين قبيل تفكرات سخت واكنش نشان داد و كوشيد تا نسبت اين قول را به بعضى دانشمندان بزرگ مذهب توجيه كند. وى مى‌پنداشت اين‌گونه ايده‌ها صدها سال راه مطالعات قرآن شناسانه به منظور دست‌يابى به وجوه اعجاز را سد كرده است و كاروان آن را به بيراهه برده است. اگر اين ايده‌ها نبود، امروزه سرمايه‌اى عظيم از تحقيقات براى به دست آوردن رازهاى اعجاز قرآن و جنبه‌هاى خارق العادگى اين كتاب در دست بود.

خوف دانشمندان پيش گفته از اين‌كه كسى مثل قرآن را بياورد را نيز بيهوده دانست و نشان داد، آنچه قرآن مدعى است كه كسى نمى‌تواند مثل آن را بياورد، لفظ قرآن نيست، بلكه كلامى است كه تمام ويژگى‌هاى اين كتاب را با هم بطور جمع داشته باشد و همچون قرآن جمال لفظ را با فخامت معنا آميخته باشد. جمع ويژگى‌هاى لفظى و معنوى قرآن چيزى است كه هرگز كسى نمى‌تواند مثل آن را عرضه كند. (همان، ج 2، مبحث اعجاز قرآن)

جمع و تدوين بشرى كتاب خدا را نپذيرفت و در اين راستا تحليل‌هايى عميق ارائه نمود و معضلات تاريخى مبحث وحى و جمع قرآن را به سر انگشت ظرافت‌هاى علمى گشود و تفاوت مصحف على عليه السلام با ساير مصاحف را علاوه بر قرائت سند دار معتبر و ترتيب نزول در آراستگى به شرح آيات و بيان آن‌ها كه در واقع حامل معارف قرآنى و فهم آن بوده است دانست و از اين رهگذر ابهامات تاريخى بسيارى را زدود. (همان، ج 1، صص 185- 135)

بر مسأله تواتر قرائت‌هاى هفتگانه- يا بيشتر- قرآن به روش علمى خط بطلان كشيد و تنها قرائت‌هايى را معتبر دانست كه با سند معتبر اثبات شود كه در عصر معصومان عليهم السلام رايج بوده‌اند. وى تنها چنين قرائتى را صالح دانست و در اين مورد بين شايستگى قرائت براى نماز و احتجاج تفكيك قائل نشد. از نظر او تنها يك روايت از قرائت‌هاى موجود داراى چنين سندى است و بنابراين مى‌شود با آن نماز خواند و احتجاج كرد. حديث احرف سبعه را نيز علاوه بر خدشه‌هاى سندى و متنى، بيگانه با مقام دانست. (همان، صص 283- 257)

از آن جاكه اعتقاد به تحريف قرآن را اتهامى حساب شده از جانب دشمنان به پيروان مذهب تشيع مى‌دانست، با واكاوى همه‌جانبه اين مسأله از حد ريشه‌ها تا نتايج، اقسام نپذيرفتنى‌