با فرا رسيدن ماه محرم، رژيم شاه با استفاده از روش‌هاى مختلف كوشيد سخنرانان اين ماه را ملزم كند كه در سخنرانى‌ها از شاه و اسرائيل بدگويى نكرده، نگويند اسلام در خطر است. اما در روز عاشوراى اين سال در تهران تظاهركنندگان با بالا بردن عكس‌هاى امام، شعار خمينى خدا نگهدار تو، ملت طرف‌دار تو، سر دادند. آنها مقابل كاخ مرمر شعار «مرگ بر ديكتاتور» سر مى‌دادند. امام نيز در سخنرانى روز عاشورا در شهر قم، به مقايسه حكومت محمدرضاشاه با حكومت بنى‌اميه پرداخته، هر دو را مخالف اساس اسلام خواند؛ و به بيان دسيسه‌هاى اسرائيل پرداخت.

به‌دنبال اين حوادث، صبح روز پانزدهم خرداد، امام خمينى (قدس سره) و جمعى ديگر از روحانيان دستگير شدند. در پى اين اتفاق، مردم پس از آگاهى از آن، در نقاط مختلف كشور، ازجمله در مراكز متعددى در تهران و در شهرهاى قم، ورامين و ... با شعار «يا مرگ يا خمينى» دست به قيام و اعتراض زدند. ازجمله، دهقانان كفن‌پوش ورامينى با شعار يا مرگ يا خمينى وارد تهران‌شدند.

مشهور است كه پس از وقوع قيام، علم فرماندهان نظامى را فرا خواند و به آنها دستور داد، با كشتار تظاهركنندگان خيابان‌ها را پاك كنند. به‌دنبال قيام پانزده خرداد، در تهران و حومه به مدت 50 روز حكومت نظامى اعلام شد و در جريان سركوبى آن، عده زيادى از مردم كشته و مجروح شدند.

درپى قيام پانزدهم خرداد سال 1342 و فشارهاى اجتماعى براى آزادى امام، دولت عَلَم شكست خورد و حسنعلى منصور به نخست‌وزيرى رسيد. امام نيز پس از ده ماه آزاد شد.

لايحه كاپيتولاسيون يا اعطاى مصونيت كنسولى به مستشاران نظامى آمريكايى و خانواده‌هايشان- كه حتى در مجلس با اكثريت ضعيف به تصويب رسيد- موضوع بعدى اختلافات بود. روز چهارم آبان 1343، امام در سخنرانى خود از رژيم شاه به‌خاطر فروختن استقلال كشور انتقاد كرد.

امام خمينى در نيمه‌شب روز سيزده آبان 1343، از منزل خود در قم ربوده شده، ابتدا به تركيه و سپس به نجف اشرف در عراق تبعيد گرديد.