وهكذا نجد هذا الشيخ الكريم الشيخ جعفر الكبير صاحب كتاب (كشف الغطاء) أبا بارا للنجف وقائدها الروحي.

يرجع أليه في الملمات والحوادث ويستغاث به عند النوازل وكلما يذكر يقال رحم الله ذلك العهد ورحم الله أولئك العلماء العاملين.

ومن قضاياه الدالة على مكانتة الأجتماعية وكلمته المسموعة كانت حكومة الترك قد فرضت ضريبه على أهل النجف أربعين طغاراً (ثمانين طناً) من الطعام وهذا كان كثيراً على النجف أنذاك لم تطق المدينه حمله وعجزوا عن أداءه فتوسط الشيخ بذلك وتكفل.

من مواقفه التي يتصلب فيها الأمر بالمعروف والنهي عن المنكر: وفي سفره الى أيران كانت له مواقف مشهورة في أنكار المنكرات ومنع بيع الخمور وصنعه، وقصته في شيراز مع أرباب المعامل التي تصنع الخمور عنت بها الركبان حيث أنه لا تأخذه بالله لومة لائم.

ومن أنكاره المنكر وأرشاداته الثمينة رسالة الى أهل خوي في ايران لما توسعت دعوة الصوفية فيهم وكان فيه توبيخ وتهديد وتحذير وأستعطاف.

وهذه رسالة أوردها العلامة البهبهاني أبن العلامة الوحيد الهبهاني المتوفي في حياة الشيخ جعفر (1216) في كتابة القيم (خيرا تيه في ابطال طريقة الصوفيه) (119: 1- 121) قال:

بسم الله الرحمن الرحيم والحمد لله رب العالمين/ والصلاة على محمد وأله من المعترف بذنيه، المقصر في طاعة ربه، أقل الأنام،