انشقاقهما كثيرا من نفوس الابرياء والفقراء، وازهقت ما لا يحصى من الارواح، ونهب اموال كثيرة وسبيت اعراض، ولم تكن النجف يومذاك يطيب بها مسكن، ولا يألفها ساكن، فالشيخ رحمه الله بحزمه وعزمه واحترامه ومكانته بين النفوس وشدة صولته ونفوذ أمره كان يذب عن الضعفاء ويحرس الفقراء فكان لهم حرزا منيعا، وسورا عاليا وبقيت عداوة الشمرت والزكرت موروثة في ابناءهم الى ان انكسرت شوكتهم وخمدت نارهم، وعفت ديارهم.

فهاتان الواقعتان هجمة ابن سعود الوهابي وواقعة الشمرت والزكرت من أهم الحوادث التي دافع بها الشيخ جعفر مع بعض أهل العلم من تلاميذه وجماعته الذين دربهم على حمل السلاح والرمي، وقد كانت داره الكبيرة الشهيرة والمعروفة باسمه ووجود وقفيتها على ذريته والآن يسكن جزءا منها مع برانيها أحد أحفاد أحفاده فضيلة الشيخ عباس نجل الشيخ علي بن الشيخ محمد رضا كاشف الغطاء وهي واقعة في محلة العمارة بالقرب من شارع السور القديم وقد كانت في ايامه مذخرا للأسلحة وفيها سرداب عميق بثلاث طوابق منحوت بحجر السن لعمقه ويدعى بسرداب الوهابي حيث كان مركز للتدريب على فنون حربية يومذاك لمقاومة الوهابيين الذين أرادوا سوء بمدينة النجف عامة وللمرقد الشريف بصورة خاصة وكان عبارة عن ثكنة للجنود قرر الشيخ لهم رواتب ودربهم على القتال وهذه الحوادث سندرجها بتفصيل اوفر ولا نحتاج الآن الى كل البيان.