علماً بأنه قد سبق وتشفع لكهيا والي آرز روم يوسف باشا ألا أنه رفضت شفاعته وبعث معتمده الفيضي محمود أفندي مع عريضه الى عباس ميرزا فلم يقبل شفاعته وأنما قبل تشفع الشيخ تكريماً له.

وكما تشفع الشيخ في أسرى الترك عند السلطان فتح علي شاه، حينما وقعت الحرب بينه وبين العثمانيين في العراق فشفع فيهم وأطلق سراحهم وصار ملوك أل عثمان وولاتهم ينظرون أليه نظر الأكبار والأجلال والعظمه والخشيه من قولته أذا قالها فيهم، وشفاعته بالقائد التركي سليمان باشا الكرجي عند السلطان المذكور أمر عظيم جداً وما ذلك ألا لجلالة الشيخ الأكبر ورفعة شأنه ومنزلته عند السلطان.

كما ان الشيخ رحمه الله دفع كثيرا من الحوادث الدامية المهمة والوقائع عن النجف مثل حادثة ابن سعود الوهابي الذي غار على النجف وحاصرها واراد قتل اهلها انتقاما لقتل أبيه وسلب خزائن أمير المؤمنين ونهب جميع النفائس الموجودة في الحرم الشريف كما فعلها في مدينة كربلاء المقدسة فحاربه الشيخ جعفر الكبير مع الاهالي طيلة اربعة أيام ورده خائبا لم يتمكن من فتحها وكان هو المسؤول الأول عن حفظ النجف والدفاع عنها وسنأتي على التفصيل في موضوع آخر وكيف وقعت الحادثة الموجعة.

وكذلك حادثة الشمرت والزكرت المشهورة التي أخذت دورا كبيرا وهي أعظم وأشهر حادثة يحتفظ بها النجف تاريخيا وهي ان حدث الشقاق بين الفريقين في عصر، (الشمرت والزكرت) وقد اتلف‌