6- الرد على أصحاب العدد في شهر رمضان.

7- المصباح في الفقه.

وغيرها الكثير من الكتب والرسائل الفقهية

وفي علم الأصول:

1- الذريعة إلى أصول الشريعة.

2- مسائل المفردات في أصول الفقه.

3- مسائل الخلاف في أصول الفقه.

وإلى غير ذلك من الكتب والمصنفات في التفسير والكلام والأدب واللغة وغيره ومن أهم كتبه الفقهية كتاب (الانتصار) ومن أهم كتبه الأصولية كتاب (الذريعة إلى أصول الشريعة) الذي يقول في مقدمته: «إن هذا الكتاب منقطع النظير في الإحاطة بالاتجاهات الأصولية التي تميز الإمامية باستيعاب وشمول».

وقد سار السيد المرتضى على طريقة أستاذه المفيد وأكمل المباحث الأصولية وتتبع العناصر المشتركة في الاستنباط، وكان موفقاً في تطوير وإكمال نظريات أستاذه الأصولية، ودفع عجلة الفقه الإمامي إلى الأمام خطوات كبيرة ويظهر هذا الأمر جلياً من خلال مطالعة كتاب الذريعة.

فالسيد المرتضى من كبار علماء هذه المرحلة بل من كبار علماء الشيعة على الإطلاق وكان من نتائج أبحاثه هو وأستاذه المفيد أن اندثر الاتجاه الأول للروائين والقميين وأهل الحديث. وانطلق الاتجاه الوسط الجامع بين الاتجاهين.