پس از شكست سنگين و سريع اين گروه، معاويه به بهانة خون‌خواهي عثمان پرچم سركشي برافراشت، و جنگ صفين درگرفت.

زد و خوردهاي فراواني ميان دو لشكر پيش آمد و سپاه امام علي(عليه السلام) تا آستانة پيروزي بر قاسطين پيش رفت. اما با خدعة عمروبن عاص، و ماجراي معروف قرآنهايِ بر نيزه و پيشنهاد حَكَميت، در سپاه امام علي(عليه السلام) اختلاف افتاد. جمع كثيري از مقدس مآبانِ ساده انديش، با تحريك منافقان فريب خوردند و امام را كه مصمم به ادامة نبرد بود و قصد داشت ريشة فتنه را بخشكاند، تهديد به مرگ كردند. سپس به كوشش برخي منافقان سپاه عراق، ماجراي حكميت شكل گرفت و ابوموسي اشعري فريب عمروعاص را خورد، و جنگ، به نتيجة مطلوب نرسيد.

جنگ نهروان نيز درست پس از نبرد صفين رخ داد. همانان كه با تهديد و اجبار، امام را به قبول حكميت واداشته بودند (مارقين) بر امام خروج كردند كه چرا تن به حكميت داده است و با معاويه نمي‌جنگد! احتجاجهاي محكمِ امام و فرستادگان وي، بسياري خوارج را از جنگ با امير مؤمنان منصرف ساخت اما چهار هزار نفر آنان پس از جنايتهاي وحشتناكي كه مرتكب شدند، سرانجام براي نبرد، در برابر سپاه امام صف كشيدند. در اين جنگ خون‌بار نيز جز نُه تَن، بقية چهار هزار نفرِ سپاه خوارج كشته شدند، و پيامد‌هاي دردناك آن تا مدتها گريبان امّت اسلام را رها نكرد.

پس از اين جنگ نيز عالَم اسلامْ روي آسايش نديد. امام علي(عليه السلام) بعد از فرونشاندن فتنة خوارج دستور آماده‌باش براي جنگ با معاويه داد، ولي بسياري از لشكريانِ كم‌تقوا و بي‌وفا، به بهانه‌هاي مختلف از اطاعت امر وليّ خدا سر پيچيدند و حاضر به ادامة جهاد نشدند. معاويه نيز كه از اين ضعفِ مردم عراق با خبر شده بود، به تعدّي به شهرها و حدودِ حكومت امام علي(عليه السلام) و آشوبگري و اختلاف انگيزي بيشتر دست گشود. براي مثال، بسربن ، فرمانده