حوزة عرفان (27 سالگي)، شرح دعاي سحر در 29 سالگي، نمونه‌هايي از اين دست فعاليتها به شمار مي‌آيند.

تخصص ويژة امام خميني در علوم عقليه موجب شد كه ايشان در همان عنفوان جواني، تنها پاسخ‌گوي اشكالات و شبهات عقلي نسبت به اسلام، در حوزة علمية قم باشد، و در آن روز اگر كسي نسبت به مسائل ديني اشكالي داشت و براي حل آن به قم مراجعه مي‌كرد (با اينكه علماي زبردست و تراز اول در قم مي‌زيستند) او را براي برطرف كردن ابهام و اشكالش به حضور امام خميني راهنمايي مي‌كردند. گويا در سال 1363 ه‍ . ق. بود كه شخصي به علت شبهاتي كه معاندانِ دين به او تلقين كرده بودند، در ايمان و عقايد ديني خود دچار لغزش شده، براي به دست آوردن حقيقت به قم مراجعه كرده بود. او را به امام خميني معرفي كردند، و ايشان با پشتكار و اهتمام فراوان، در مقام رفع شبهات و ابهاماتي كه در ذهن او جاي گرفته بود بر آمد و تا آنجا به آن [امر] اهتمام ورزيد كه 3 روز، حوزة درس خويش را تعطيل كرد، و سرانجام موفق شد كه شبهات را از ذهن او بيرون كرده، از انحطاط فكري و سقوط او در منجلاب تباهي و گم‌راهي جلوگيري نمايد و او را به راه حق و حقيقت راهبري كند.

نيز آن روز كه كتاب سفسطه‌آميز اسرار هزار ساله منتشر شد،‌ نظر به اينكه مطالب آن به مسايل عقلي مربوط بود، از طرف علما و مراجعِ قم براي ردّ آن به امام خميني مراجعه شد و ايشان با آنكه مدتي بود به چشم‌درد مبتلا بود و توان مطالعه و نوشتن نداشت، دست به كار ردّ آن كتاب شد. شگفت آنكه وقتي در مقام نگارش ردّ اين كتاب برآمد ـ و [در همان زمان] كتاب كشف الاسرار را [نيز] تأليف مي‌كرد ـ به طور معجزه‌آسايي درد چشم ايشان برطرف شد؛ به طوري كه گويا عارضه‌اي متوجه ايشان نبوده است.[1]