مراجع تقليد و بزرگان حوزة علميه، اقدامات وحشيانة رژيم را محكوم كردند و با صدور اعلاميه و ايراد سخنراني، از چهرة واقعي حكومت پهلوي و نقشه‌هاي آنان بر ضد اسلام و مسلمانان پرده برداشتند. مردم نيز به صحنه آمدند، و احزاب و جمعيتهاي سياسي ـ مذهبي، وعّاظ نويسندگان و شاعران مسلمان نيز با آنان هم‌صدا شدند.

امام خميني(رحمه الله) نيز ضمن سخنراني و صدور اعلاميه و محكوم كردن اقدامات رژيم، تلگراف تسليت مراجع و ديگران را پاسخ گفت و با شركت در مراسم سوگواري شهداي فيضيه از همه مردم قدرداني كرد.[1] حضرت امام در پاسخ به تلگراف تسليت علماي تهران چنين نوشت:

«حملة كماندوها و مأمورين انتظامي دولت با لباس مبدّل و به معيّت و پشتيباني پاسبانها به مركز روحانيت، خاطراتِ مغول را تجديد كرد؛ با اين تفاوت كه آنها به مملكت اجنبي حمله كردند و اينها به ملّت مسلمان خود و روحانيين و طلاّب بي‌پناه. در روز وفات امام صادق(عليه السلام) با شعار جاويد شاه به مركز امام صادق(عليه السلام) و به اولاد جسماني و روحاني آن بزرگوار حملة ناگهاني كردند و در ظرف يك دو ساعت، تمام مدرسه فيضيه، دانشگاه امام زمان(عليه السلام) را با وضع عجيبي در محضر قريب بيست هزار مسلمان غارت نمودند و در‌هاي تمام حجرات و شيشه‌ها را شكستند. طلاّب از ترس جان، خود را از پشت‌بامها به زمين افكندند، دستها و سرها شكسته شد؛ عمامة طلاّب و سادات ذرية پيغمبر را جمع نموده، آتش زدند؛ بچه‌هاي شانزده ـ هفده ساله را از پشت‌بام پرت كردند؛ كتابها و قرآنها را، چنانكه گفته شد، پاره پاره كردند...».[2]

اين وضعيت حدود هفتاد روز ادامه يافت، تا اينكه عاشوراي 1383 ه‍ . ق. فرا رسيد. عصر آن روز، يعني 13 خرداد 1342، امام خميني(رحمه الله) به فيضيه آمد و