و في المرحلة الثانية جاء دور التفرع اعتمادا على الإجماعات، و بعض الأصول العمليّة ثم أضيف إلى ذلك الاستفادة من العمومات و الإطلاقات ليأتي الفقيه اللاحق فيعتمد على ما سطره الفقيه السابق حتى كانت فترة المقلدة الذين لم يجرءوا على مخالفة الشيخ الطوسي (رحمه اللّه) إلى زمان ابن إدريس. الذي كانت عنده الجرأة على مخالفة جدّه الشيخ الطوسي و العدول إلى رأي السيد المرتضى أستاذ الشيخ أو غيره غير أنّه لم يفتح باب الاجتهاد على مصراعيه.

نعم يأتي دور المحقّق الحلّي في وضع اللبنات الأولى للاستدلال بالأحاديث المنتقات من دون الإشارة إلى معارضاتها و ما يقع عليها من النقض و الإبرام.

بينما انطلق العلّامة الحلّي في حلبة الاستنباط و أعطى لنفسه الحقّ في ملاحظة الروايات المتخالفة و المتعارضة بل حتى أنحاء الاستفادة من الرواية الواحدة لتأتي استنباطاته متفاوتة مختلفة مع بعضها في كتبه المختلفة. غير أنّ الحركة الفقهية الاستنباطية لم تزل مشلولة بمتابعة المجمع عليه أو المشهور لا يعدو الاستدلال فيها أن يكون ذريعة في مقابل السائل و المستفهم. حتى جاء الشهيد لينظر إلى الأدلّة في عرض البعض و يزيح التراب المتراكم على حقائق الأحكام الشرعية؛ ليصل إليها مستنبطا لها استنباط الماء من بين التراب و المدر.

بمعنى محاولة التفهم و التفقه و الإلمام بواقع الحال، طاردا فكره عن محورية الإجماع و الشهرة، و لذلك قال الشيخ جعفر كاشف الغطاء: الفقه على بكارته لم يمسها إلا أنا و الشهيد و ولدي موسى.

ثم أعقبت هذه الفترة المشاحنات بين الأخباريين و الأصوليين كي ينتعش فيها علم الأصول و يبلغ الذروة في كتاب القوانين للميرزا القمّي نفعه كل ذلك التعمق الأصولي في تجديد مرحلة أخرى من مراحل المسيرة الاستنباطية.

و هى مرحلة استيعاب الاختلاف و التعارض الموجود في الأخبار أو مطلق الأدلة الذي يمكن عزوه من خلال ملاحظة كتب الميرزا و رسائله إلى خطأ الناقل و عدم درك صحيح للأخبار أو عدم فهم الراوي لما تحمله من الألفاظ.

بالإضافة إلى دراسة جذور اشتهار الأحكام أو تحقّق الإجماع، و بالتالي درك الواقعة على حالها بما فيها منشأ اختلاف الأقوال و تعارض الأدلّة ممّا يغني عن الاعتماد الكلّي على ملاحظة الأسناد، بل قد ترتفع بذلك كثير من التعارضات و الاختلافات، و يدعم الأسناد بعضها بعضا و تتحقّق النتائج