و الظاهر أن نظام مشيخة الجامع الأزهر يمت بصلة إلى هذا المنهج في نظام الوظائف الدينية الرئيسية. و قد يرجع التفكير فيه و في قيامة إلى منتصف القرن العاشر الهجري. ذلك أن ولاة الأمر العثمانيين كانوا يعلقون على الوظائف الدينية أهمية خاصة، و كان الجامع الأزهر يحتل يومئذ بين المساجد و المعاهد الإسلامية مركز الصدارة، و يزخر دائما بجمهرة كبيرة من العلماء المصريين و إخوانهم من سائر أنحاء العالم الإسلامي، هم صفوة الأئمة و الأساتذة في ذلك العصر، و من المعقول أن تكون رياسة الجامع الأزهر ذات أهمية خاصة في نظر ولاة الأمور. و إذا كان الجبرتي لم يذكر شيخا للأزهر قبل الشيخ الخرشي المتوفى سنة 1101 ه، فإنه من جهة أخرى لم يقل بصفة قاطعة انه كان أول من ولي المشيخة. و مع أنه لم يعثر كذلك فيما أتيح من المراجع على نصوص قاطعة تلقى ضوءا واضحا على أصل مشيخة الأزهر و الوقت الذي بدأ فيه تطبيق هذا النظام. فإنه توجد مع ذلك قرائن عديدة، تدل على أنه يرجع إلى ما قبل أواخر القرن الحادي عشر بكثير.

من ذلك ما رواه صاحب كتاب «ذخيرة الأعلام» [1] في حديثه عن واقعة الشيخ شهاب الدين أحمد بن عبد الحق السنباطي مع داود باشا الذي تولى ولاية مصر سنة 945 ه (1538 م)، فقد ذكر أنه حدث في شهر شعبان سنة 950 ه أن الشيخ ابن عبد الحق قال يوما لداود باشا و هو في موكبه: أنه رقيق لا يجوز له أن يتولى الأحكام، و أن أحكامه باطلة ما لم يحصل على عتقه .. ثم يقول في قصيدته التي يروي فيها تفاصيل هذه الواقعة:

[1] هو كتاب «ذخيرة الأعلام. بتواريخ الخلفاء العلماء، و أمراء مصر الحكام، و قضاة قضائها في الأحكام»- لمؤلفه الشيخ أحمد بن سعد الدين العثماني العمري من علماء أوائل القرن الحادي عشر الهجري، و هو مكتوب كله بالنظم (مخطوط بدار الكتب رقم 104 تاريخ).