خواجه در محل رصد كتابخانه بزرگى تأسيس كرد و بنا بگفته ابن شاكر در كتاب فوات الوفيات و بعض ديگر از مورخان شماره كتابهاى اين كتابخانه بچهارصد مجلد مى‌رسيد.

خواجه تا پايان عمر در مراغه بكار رصد مشغول بود و رصد را تمام ناكرده بدرود زندگانى گفت.

در خلال اين مدت چند مرتبه مسافرت باطراف نمود. مرتبه اول در سال 662 براى جمع‌آورى كتاب و رسيدگى باوقاف سفرى بعراق و بغداد نمود و اين سفر چندان بطول نيانجاميد و به مراغه بازگشت.

و در سال 665 نيز سفرى بخراسان و قهستان كرد و در اين سفر علامه قطب الدين شيرازى در خدمت وى بود اين سفر بيش از يكسال طول كشيد و در سال 667 بمراغه مراجعت نمود.

و سفر آخر وى در سال 672 در ملازمت اباقا خان ببغداد بود در اين سفر گروه بسيارى از ياران و شاگردانش در خدمتش بودند. اباقا خان در بغداد زياد توقفى نكرد و بمراغه بازگشت و خواجه براى رسيدگى بحساب اوقاف در بغداد بماند و پس از يكماه از توقفش بيمار گشت و در اثر آن مرض عالم فانى را وداع گفت، و اين واقعه در روز دوشنبه هيجدهم ذوالحجه سال 672 روى داد. تاريخ وفات او را بعضى «نور اللّه قبره» يافته‌اند. و حمد مستوفى در تاريخ گزيده دو بيت زير را در تاريخ مرگ خواجه آورده است:

مدت عمرش هفتاد و پنج سال و هفت ماه و هشت روز بوده است.