به‌هرحال اوج بارورى تفكر صدرالمتألهين در دوران خلوت و رياضت بوده و تدريجا نتايج و ثمرات آن در قالب تأليف رسائل و كتب متعدد، به منصه ظهور رسيده است. شايد تعدادى از كتابهائى را كه در آن مستقيما عالمان قشرى و عمال حكومت و اراذل و اوباش را مورد حمله و انتقاد قرار داده و طبعا انتشار آنها در فضاى شيراز و اصفهان، خطرناك بوده، پس از تأليف تا مدتى پنهان مى‌داشته و در دسترس طالبان قرار نمى‌داده است. محتمل است اين‌گونه كتابها را كه غالبا در انزواى كهك تصنيف كرده است پس از آنكه دوباره به دعوت امام قليخان به شيراز بازگشته و به تدريس در مدرسه خان پرداخته، بعضى از آنها را در اختيار طلاب مستعد گذاشته باشد و به همين سبب در اين شهر با بنياد- گرايان و ظاهربينان و عوام‌الناس درگير مى‌شود. انعكاس ناخشنودى او را در آخرين نامه‌اى كه به استاد خود ميرداماد نگاشته مى‌توان ديد:

«از انقلاب و تراجع روزگار چنان صورت ترتيب و تميز برخاسته و مردم زمان چنان از حرف هنر و فضل منحرف گشته‌اند كه محض كمال را نقص مى‌دانند و عين شرف را خست مى‌بينند؛ انقياد نفس اماره را اطاعت اوامر الهيه مى‌پندارند و خدمت حكام و سلاطين را ترويج شرع مبين نام مى‌نهند ...! از لگد اين ايام ستمكار صورت امانت سمت خيانت گرفت و كالبد انسانيت به شمايل سبعيت موصوف گشت! توقعى كه قبل از اين مى‌بود كه شايد من بعد وضع روزگار روى به استقامت نهد و مجارى امور بر وفق و نظام ازمنه ماضيه كه اهل هنر و كياست را در نظر اعيان زمان، محل و منزلتى بود بار ديگر به هم رسد و فراغ و رفاهيت روى نمايد و زنگ اندوه از پيش آئينه مراد دل برخيزد ... چنان معلوم شد كه امن توهميست باطل! و خيالى عاطل و بى‌حاصل!.» [1]

البته صدرالمتألهين پيش از تأليف اسفار، كتابهائى هنگام اقامت و تدريس اصفهان، با روش حكمت بحثى نگاشته كه نام بعضى از آنها را درم طاوى اسفار و شواهد و شايد كتابهاى ديگر، آورده است؛ من‌جمله «رساله فى طرح الكونين» كه به پندار استاد مظفر، همان «رسالة سريان الوجود» اوست؛ «رسالة حل الاشكالات الفلكيه فى الارادة الجزافيه»، «رساله حدوث العالم» و احتمالا «حواشى الهيات شفا».

[1] نامه ملاصدرا را به ميرداماد. راهنماى كتاب- آبان و آذر 1341، ص 762.