وقد اختلفت أقوال الشرّاح في المراد بهذه الفتنة، فقد ذهب البعض إلى أنّ المراد بها وقعة الجمل، حيث أصابت فيه الحيرة السذج من الأفراد وحتى من لم يكن يمتلك الإيمان والعلم العادي، في أنّه هل يجوز قتال فئة تنتحل الإسلام ظاهرا و هى من أهل القبلة؟ كيف وفيها بعض كبار الصحابة كطلحة والزبير، وكذلك زوج رسول اللَّه صلى الله عليه و آله عائشة، وناهيك عما سبق فاذا تمت الحجة ونشبت الحرب، فهل يمكن السيطرة على أموالهم كغنائم؟ وكيف سيعامل أسراهم؟ إلّاأنّ الإمام عليه السلام كان يعلم بأنّ هذا النقض للعهود والمواثيق، وشق عصا الامّة وتمزيق وحدتها، إذا استمر فانّ الفتنة ستعم كافة البلاد الإسلامية حتى لايبقى من الإسلام إلّا اسمه، ومن القرآن إلّارسمه وستطمس معالم الدين. فبذل الإمام عليه السلام بادى‌ء الأمر قصارى جهده من أجل اتمام الحجة محذرا الطرف المقابل من العواقب الوخيمة وذلك من خلال الكتب والرسل التي كان يبعث بها إليهم، فلما لم يستجيبوا، لم يكن أمام الإمام عليه السلام من سبيل إلا القتال، ومن هنا واجههم الإمام عليه السلام بتلك الشدة والصرامة حتى أخمد فتنة الجمل، بينهما ذهب البعض الآخر إلى‌ أنّ المراد بها فتنة الخوارج من النهروان لأن ظاهر الخوارج كان يتصف بنوع من الصلاح والقدسية، رغم انحرافهم الباطني وحماقتهم وجهلهم بالتعاليم الإسلامية، بينما كانوا يولون عناية فائقة لأدنى المستحبات والمندوبات، ولذلك تردد الكثير من السذج في قتالهم، بينما نهض الإمام عليه السلام بالأمر ليواجه هذه الفتنة ويفقأ عينها، كما ذهب بعض الشرّاح إلى أنّ المراد بها الفتنة بمفهومها العام، حيث يعتقدون أنّ هذه الفتن قد بدأت على عهد رسول اللَّه صلى الله عليه و آله في موقعة بدر واستمرت في سائر الغزوات، ثم استفحلت وتفاقم خطرها بعد رسول اللَّه صلى الله عليه و آله، ثم امتدت لتشتد في زمان عثمان، فلما قتل وبايع الناس الإمام عليه السلام تجذرت هذه الفتنة لتتخذ أشكالًا اخرى‌، ليواجهها الإمام عليه السلام بالسيف أحياناً، وبالصبر والتحمل والتحذير والنذير أحياناً اخرى‌ ولكن يبدو تفسيرها بالجمل أنسب من غيره أمّا التعبير:

«عين الفتنة»

فيفيد أنّ الإمام عليه السلام قد شبه الفتنة بشبح وحشي كاسر، وإذا فقأت عينه سلبت قدرته وحيويته، كما تشير إلى أنّ الإمام عليه السلام كان يتجه في مجابهته للفتنة إلى مراكزها الأصلية ورموزها الأساس،