سرانجام وى در بيست و دوم ماه رجب المرجّب سال 1246 هجرى قمرى دارفانى را وداع گفت، و بر نعش شريف او حاجى كلباسى نماز گزارد، سپس جنازه مطهر او به نجف اشرف انتقال يافت و پس از استقبال شيخ على بن شيخ جعفر نجفى، از او، بنا به وصيتش وى را در كفش كن حرم حضرت اميرالمؤمنين در درگاه باب طوسى دفن نمودند [1] . شاگردان : گويند در كرسى درس مرحوم آخوند ملاعلى شاگردان بيشمارى حاضر بوده اند كه مشهورترين آنها عبارتند از: 1 . ميرزا حسن نورى فرزند مؤلف 2 . ملا عبداللّه زنوزى 3 . ملا محمد جعفر لنگرودى 4 . ملا مصطفى قمشه اى 5 . ملا اسماعيل واحد العين 6 . سيد رضى لاريجانى 7 . ملا امامى قزوينى 8 . ميرزا سليمانى تنكابنى 9 . سيد محمد حسين تنكابنى 10 . ميرزا سيد محمد حسن فانى زنوزى 11 . ميرزا ابوالقاسم راز شيرازى 12 . ملا محمد حلى نورى 13 . ملا اسماعيل درب كوشكى 14 . ميرزا حسن چينى 15 . حاج ملا هادى سبزوارى 16 . . . . آثار [2] : از حكيم ملا على نورى بيش از چهل اثر بر جاى مانده كه بيشتر