به جهت اختلافاتى كه پيش آمد، ايشان به شيراز رفت و بار ديگر به اصفهان بازگشت و پس از مدتى به روستاى قلعه بابو در جاپلق رفت و در نهايت به قم آمد. ورود ميرزا به قم بايد بعد از 1212 ق بوده باشد، چرا كه گفته‌اند هجرت ايشان به قم در زمان فتحعلى شاه قاجار (1212- 1250 ق) و به درخواست او، يا درخواست اهالى قم بوده است‌[1].

ميرزا در همين سال به سفر حج رفت و توقف كوتاهى در نجف اشرف داشت‌[2].

اقامت ميرزا در قم، باعث رواج درس و بحث ايشان در اين شهر شد و مورد توجه خاص و عام قرار گرفت. فتحعلى شاه در چند سفر به قم با ايشان ملاقات كرد و سخت مريد او شد. مكاتبات بين ميرزا و شاه معروف است‌[3].

اين مرد بزرگ به حق از درخشان‌ترين چهره‌هاى علم و عمل و فقاهت و مرجعيت بود و بر دفتر دانش، برگ زرين و فخيمى را افزود.

آفتاب عمر او در سال آخر ربيع الاول سال 1231 ق در قم، غروب كرد و در قبرستان شيخان مدفون شد[4].

شاگردان‌

محضر ميرزا تا پايان عمر شريفش، همواره ميعاد دانشيان و فرزندگان بود و جمع زيادى از زلال معرفت او سيراب شدند و به رشد رسيدند.

محقق قمى در طول ساليان تدريس شاگردان برجسته‌اى را تربيت كرد كه برخى از ايشان عبارت‌اند از:

سيد محمّد باقر شفتى (د 1260 ق) حاج محمّد ابراهيم كلباسى اصفهانى (د

[1]. الروضة البهية، چاپ سنگى، كرام البررة، ج 1، ص 52.

[2]. الذريعة، ج 1، ص 138.

[3]. ن. ك: مجله بررسى‌هاى تاريخى، سال دهم، ش 4.

[4]. اين تاريخ را ملا على آرانى در شرح الأحوال كه زندگى‌نامه خودنوشت اوست، ياداشت كرده است. براى سال فوت ميرزا تاريخ‌هاى ديگرى را نيز نوشته‌اند ولى روز و ماه آن را ظاهراً كسى غير آرانى ذكر نكرده است. ن. ك: زندگانى خودنوشت ملا على آرانى، ضمن ميراث حديث شيعه، ج 15، ص 522؛ روضات الجنات، ج 5، ص 379.