در مصادر، نزديك به دويست كتاب براى شيخ مفيد ذكر شده است.[1] از عناوين اين كتابها پيداست كه وى در زمينههاى گوناگونى دست به قلم برده است: كلام، فقه، فقه الحديث، نقد الحديث، تاريخ، دعا و زيارت.
الف- آثار حديثى ناياب:
1. جواب المسائل فى اختلاف الأخبار، 2. مقابس الأنوار فى الردّ على أهل الأخبار، 3. تاريخ الشريعة، 4. تفضيل الأئمة عليهم السلام على الملائكة، 5. جوابات أهل الموصل فى العدد والرؤية، 6. مسألة فى معنى قول النبى صلى الله عليه و آله: «أصحابى كالنجوم»، 7. مسألة فى ما رواه العامّة، 8.
المسألة الموضحة فى تزويج عثمان، 9. مسألة فى معنى قوله صلى الله عليه و آله: «إنّى مُخلفٌ فيكم الثقلين»، 10. كتاب فى قوله صلى الله عليه و آله: «أنت منّى بمنزلة هارونَ مِن موسى»، 11. مسألة فى رجوع الشمس، 12. المسألة الكافية فى إبطال توبة الخاطئة، 13. الفضائل، 14. المسألة المقنعة فى إثبات النص، 15. الإشراق فى لغت أهل البيت عليهم السلام، 16. رسالة فى كتابة النبى صلى الله عليه و آله، 17. النصوص، 18. العيون و المحاسن، 19. تزويج أمير المؤمنين عليه السلام بنته مِن عمر.
ب- آثار نايابى كه در منابع بعدى، از آنها نقل شده است:
20. كتاب كمال شهر رمضان، كه در سده هفتم موجود بود و ابن طاووس از آن نقل كرده است.[2] 21. كتاب لمح البرهان، كه به قرينه آنچه ابن طاووس در سده هفتم، آز آن نقل كرده، در زمينه اعمال و دعاهاى پر فضيلت بوده است.[3] 22. كتاب مصابيح النور، كه اين نيز به قرينه موارد منقول، در زمينه دعا بوده است.[4]