باانتخاب شيوه هاى درست مخفى كارى، توانست درعصر حاكمانى مانند منصور دوانيقى،مهدى عباسى، هادى عباسى،جان به سلامت ببرد امادر زمان حكومت هارون كه وى خودرا خليفه اى موفق درتمام جهات مى دانست، ولى درجبهه مبارزه با شيعيان وعلاقمندان بيت علوى خودرا شكست خورده تشخيص ميداد، امام دستگير وزندانى گرديد وبه شهادت رسيد، زيرا هارون با خود فكر كرد كه تا مركز رهبرى اين جبهه را از كار نيندازد، همه كوششهاى او بى فايده خواهد بود. ازاين رو تصميم گرفت كه امام كاظم (عليه السلام) را بازداشت كند. هارون در پى اين تصميم به صورت مزورانه وارد مسجد پيامبر شد ورو به قبر مطهر آن حضرت كرد وگفت:اى پيامبر، من از تصميم بر اقدامى كه گرفته ام پوزش مى طلبم، زيرا ميخواهم موسى بن جعفر را بازداشت وزندانى كنم، ومى ترسم درميان امت اسلامى ايجاد شكاف واختلاف كند و موجب خونريزى گردد.

از اين جهت فرداى آن روز دژخيمان هارون امام را درمسجد پيامبر كه مشغول نيايش ونماز بود دستگير كردند واحترام خانه خدا وحرم پيامبر را زير پاى نهادند.

هارون براى مخفى نگاه داشتن محل تبعيد امام دو كجاوه ترتيب داد، يكى را به مقصد كوفه و ديگرى رابه مقصد بصره روانه كردوازاين طريق خواست محل تبعيد امام را پوشيده نگاه دارد تامردم امكان دسترسى به آن حضرت را نداشته باشند.

پيشواى هفتم مدت يك سال در زندان بصره به سر مى برد وآنگاه هارون به فرماندار بصره به نام «عيسى بن جعفر» فرمان داد كه امام رابه قتل برساند.فرماندار از قتل امام خوددارى كرد وگفت كسى را بفرست تا اورا تحويل بگيرد و در غير اين صورت اورا آزاد خواهم كرد.

هارون به خاطر اين پيام، «سندى بن شاهك» را روانه بصره كردتا امام را به بغداد منتقل نمايد. سرانجام امام پس از چهارسال زندانى شدن درسال 183 هجرى مسموم گشت وبا وضع دلخراشى درزندان بغداد به شهادت رسيد.