و قد قصد الشيخ بلاد العراق حوالي سنة 909 ه، فوصل الى النجف الأشرف عاصمة علوم آل محمد (صلى اللّه عليه و آله)، و حاضرة الفقه الشيعي، و معدن علماء المذهب.

و في هذا البلد المبارك أخذ، الشيخ ينهل من ينابيع كبار العلماء، حتى صار نادرة زمانه، و وحيد أوانه، و طار صيته في الافاق.

و بعد ظهور الدولة الصفوية في إيران، هاجر الكركي و بعض علماء الكرك إليها، لنولي أمور الدولة و تسيير عجلتها. و فوض الشاه الصفوي إليهم تنظيم شؤون الدولة حسبما يقتضيه الشرع الحنيف، و شغل علماء جبل عامل في الدولة الصفوية مناصب حساسة مهمة منها: الأمير، و شيخ الإسلام في أصفهان، و نائب الامام، و المفتي، و مروج المذهب، و شيخ الإسلام في طهران.

و شغل الكركي منصب شيخ الإسلام في أصفهان زمن الشاه إسماعيل الصفوي و عند تولي الشاه طهماسب سنة 930 هتولى الكركي منصب نائب الامام. و بدأ بنشر الفكر الجعفري، حيث أسس المدارس العلمية، و عين في كل بلد اماما يعلم الناس أحكامهم الدينية، و أخذ هو على عاتقه تدريس كبار رجال الدولة.

يقول المحقق البحراني في لؤلؤة البحرين: كان «المحقق» من علماء دولة الشاه طهماسب الصفوي، جعل أمور المملكة بيده، و كتب رقما الى جميع الممالك بامتثال ما يأمر به الشيخ المذكور، و أن أصل الملك انما هو له، لأنه نائب الإمام (عليه السلام)، فكان الشيخ يكتب الى جميع البلدان كتبا بدستور العمل في الخراج، و ما ينبغي تدبيره في شؤون الرعية [1].

و قال السيد نعمة اللّه الجزائري في كتابه شرح غوالي اللئالي: مكنه السلطان

[1] لؤلؤ البحرين: 152.