رشید رضا همچنین معجزات را به دو بخش تکوینی و روحانی تقسیم می‌کند. [1]

الف- معجزات تکوینی

معجزات تکوینی معجزاتی هستند که بر طبق سنت‌های الهی متعارف و شناخته‌شده نیست و شبیه احکام استثنایی در قوانین حکومت‌ها است مانند معجزات خدا برای حضرت موسی(ع) که تنها باقدرت خدا صورت گرفته است و حضرت موسی (ع) در آن‌ها هیچ دخالتی نداشته مگر در آنجایی که خداوند به او دستور داد که دریا یا سنگ خاره را با چوب‌دستی خود بزند و همین دو امر، بزرگ‌ترین معجزاتش هستند. معجزات الهی برای حضرت موسی (ع)، بر قدرت خداوند و اراده او و اختیارش دلالت بیشتری دارد چراکه با نظام اسباب و مسببات متعارف فاصله‌ی زیادی دارد.[2]

ب- معجزات روحانی

بخش دیگری از معجزات بر اساس سنت الهی، روحانی و غیرمادی است مانند معجزاتی که خدا مسیح را بدان تأیید کرده که برخلاف سنت‌های متعارف نزد مردم صورت گرفته است.[3]

[1] - اگر چه برخی سخنان رشیدرضا ربطی به عبده ندارد و وی متعهد نیست که لزوما از افکار استادش پیروی کند اما برای روشن شدن مبانی فکری وی در تبیین و تشریح سخنان عبده لازم به ذکر است.

[2] - محمد رشید رضا، الوحی المحمدی، ص ۱۶۱.

[3] -همان، المنار، ج ۱۱، ص ۲۳۴. در معجزات کونیه احتمال نمی رود که سببی از اسباب متعارف بین مردم مانند ریاضت، سمت و سوق دادن اراده و یا خواص ماده موثر باشد. معجزات روحانی بر اساس سنت خدا در عالم ارواح ظاهر شده است. متولی در ادامه می نویسد:«علی ان هذه الفروق لاتسلم للشیخ رشید – و هو لم یسبق الیها- ...» سخنان رشیدرضا درمقام مناظره و اقامه دلیل برای اهل کتاب که درآن برهه غلبه گفتمانی با آنها بود و برای اثبات وحی محمدی و علو حضرت بر دیگر انبیا (ع) و در مقام جدل به این گونه سخنان روی آورده است. تامر محمد متولی، منهج الشیخ محمد رشیدرضا فی العقیده، ص ۷۳۴ .