امین خولی، پس از رد پایان‌نامه خلف الله از سوی دانشگاه فؤاد، می‌گوید: «ترفض الیوم ما کان یقرره الشیخ محمد عبده بین جدران الازهر منذ اثنین و اربعین عاما» امروز سخنان شیخ محمد عبده در چهل‌ودو سال پیش را که در الازهر مطرح بود، رد می‌کنید.[1] به نظر عبدالمجید الشرفی نیز، خلف الله آن مبادی را که عبده در تفسیرش به‌ویژه درباره نفی گرایش تاریخی از قصص قرآنی عرضه کرده، تطبیق داده است.[2]

[1] - فهد رومی، المدرسة العقلیه الحدیثه فی التفسیر، ص ۷۴۳ به نقل از محمد احمد خلف الله، الفن القصصی فی القرآن الکریم، ص ح. برخی محققین این سخن را تهمت به عبده و فریبی از جانب امین خولی و شاگردش می‌دانند. ر.ک.رابطة العلماء السوریین (علمیه، دعویه، اجتماعیه) احد مکونات المجلس الاسلام السوری صالح سهیل حمودة / هل کان الشیخ محمد عبده مادياً منكراً للغيبيات و المعجزات و القصص القرآني؟ الثلاثاء 28 رمضان 1439.

[2] - عبدالمجید الشرفی، الإسلام و الحداثه، ص ۸۹-۸۸ .وی معتقد است رساندن اشارات گذرای عبده و خولی به نتایج منطقیشان، این ترس را در پی داشت که به نابودی نظریه سنتی اسلامی در باب وحی بینجامد و تاکید بر تاثیر عوامل محیطی در ساخت قصص قرآن، این ترس را در پی داشت که در چارچوب این نظریه متن الهی از صبغه الهی و فراتاریخی‌اش جدا شود.