و اخيرا به اقتضاء مصلحت در دولت مغول به بغداد انتقال يافت و در آنجا مدت سه سال و يازده ماه سرپرستى و نقابت سادات طالبى را از طرف هولاكو خان مغول به عهده گرفت با اين‌كه از قبول اين سمت در زمان مستنصر به شدت امتناع مى‌ورزيد[1].

صاحب «عمدة الطالب» مى‌نويسد كه خليفه «الناصر لدين اللّه» نقابت علويين را به وى تكليف نمود و او به جهت شدّت زهد از آن شغل اعراض كرد، چون هلاكو خان بر بغداد استيلا يافت و مستعصم را به قتل رساند و بساط خلافت عباسيان را برچيد، نقابت علويان و طالبيان را به ابن طاوس مفوض داشت، چون خواست برحسب ورع و تقوى از قبول آن منصب ارجمند سربپيچد، سلطان الحكماء خواجه نصير الدين طوسى عليه الرحمة از قصد او آگاه شد، ويرا از استعفاء و امتناع منع نمود، گفت اگر از قبول اين پست امتناع نمائى و به امر سلطان نافرمانى كنى، همانا به دست خود خويشتن را در مهلكه‌اى سخت انداخته باشى، زيرا كه بر اين تقدير از قتل تو ايمن نيستم بناگزير با اكراه تمام آن امر را متصدى گشت و مدت سه سال و يازده ماه در امر نقابت مى‌كوشيد و اين سمت را به عهده داشت‌[2].

گويند در سال 656 هنگامى كه سلطان هلاكو بغداد را فتح كرد، فرمان داد از علما استفتا شود كه كدام‌يك افضل‌اند سلطان كافر عادل، يا سلطان مسلمان ستمكار؟

سپس علماء را در مستنصريه براى اين منظور گرد آورد، چون هنگام فتوا

[1] امين، سيد محسن، اعيان الشيعة، ج 2، ص 360- رديف 2، مقدمه چاپ دوم طرائف ص 4- 3- خوانسارى، روضات الجنات، ج 4، ص 338.

[2] نامه دانشوران ناصرى، ج 1، ص 7- 176.