ارتقای وی به مقامات بالای اداری شد. تا جلوس صفی دوم، شیخ علی خان هنوز حکومت کرمانشاه را در دست داشت و پس از حمله ازبک‌ها به ایران مجدداً به جنگ با آن‌ها فراخوانده شد و فرماندهی بخشی از سپاهیان به عهده او محول گشت و به جای

وی برادرش به حکومت کرمانشاه رسید. پس از آن که او صلاحیت خود را در مسائل نظامی به اثبات رسانید، در سال 1668م/1079ق بلافاصله پس از استعفای "بوداق سلطان" تفنگچی آقاسی به جای او منصوب شد و حکومت کرمانشاه نیز به یکی از پسرانش به نام " سلیمان خان" واگذار گردید (ژ، همان، ج9، ص181).

سرانجام شیخ علی خان به مقام وزارت انتخاب شد.

در مورد سال انتخاب شیخ علی خان به وزارت، نظریات مختلف است:

شاردن سال مزبور را 1668م/ 1079ق می‌داند (همان، ص209). هم چنین نویسنده‌ای دیگر، سال انتصاب وی را به وزارت 1079ق عنوان کرده است(گمنام، مختصر التواریخ، ذیل حوادث سال 1079). اعتمادالسلطنه نیز سال مزبور را سنه 1079ق/1668م می داند. (م، اعتمادالسلطنه، تاریخ منتظم ناصری، ج2، ص980).و عبدالحسین خاتون آبادی این سال را 1080 ق دانسته است (خاتون آبادی، همان، ص 531). میرزا محمد سعید مشیزی نیز سال انتصاب شیخ علی خان را به وزارت سال 1080ق مطرح کرده است(مشیزی، میرمحمد سعید، تذکره صفویه

کرمان، ص 355). میرزا فسایی این تاریخ را بسیار بعدتر یعنی 1084ق نوشته است (فارسنامه ناصری، ص 153). و نویسنده تذکره که تاریخ نگارش اثر خود را سال 1081ق (نصرآبادی، محمد طاهر، ص 450) ذکر کرده است. در چندین جا (نصرآبادی، همان، ص108) به صراحت وزارت شیخ علی خان را در زمان نگارش کتاب، یاد کرده است.

بحث درباره این که دقیقاً کدام یک از تواریخ فوق صحیح است،کاری بس مشکل است، چرا که، برخی از آثار فوق در زمان شاه سلیمان تألیف یافته است.