مى‌توان با شبهه كننده به ويژه محققان درون دينى كرد، راه سوم را بر مى‌گزيند. اين سه راه عبارتند از:

- برخورد تكفيرآميز و مرتد پندارى؛

- مواجهه تحقيرآميز؛

- برخورد متين و مبتنى بر استدلال در فضاى ادب و رأفت علمى.

وى معتقد بود شيوه معمول اهل بيت عليهم السلام در احتجاجات خود با ديگران روش سوم است. در اين باب به نمونه‌هايى از عملكرد ائمه عليهم السلام از جمله به برخورد امام حسن عسكرى عليه السلام با اسحاق كندى فيلسوف- كه در ادامه همين نوشتار خواهد آمد- اشاره مى‌كرد و مى‌پنداشت مواجهه آن بزرگواران با اين پديده از نوع «ارائه طريق» بوده است، چراكه روشن است كسى كه در فضاى بدون تعلق مى‌انديشد با بسيارى از ابهامات مواجه شود و بر مسائل زيادى خرده بگيرد و حتى اگر مغرض نباشد و در انتخاب و استفاده از منابع و اطلاعات نيز به خطا نرفته باشد، در چينش و تلفيق و استنباط و استنتاج به نتايجى مطابق آنچه شخص ملتزم و معتقد به آن‌ها مى‌رسد، دست نيابد، چنان‌كه اگر ما نيز به مطالعه فرهنگ‌ها و آيين‌هاى ديگر بپردازيم، همين‌گونه خواهد شد. با توجه به اقسام شبهات قرآنى معلوم مى‌شود كه زمينه‌هاى ايجاد شبهه به دو گروه داخلى و خارجى تقسيم مى‌شوند:

زمينه‌هاى خارجى مثل ديدگاه‌هاى خاورپژوهان كه قرآن را به عنوان وحى آسمانى باور ندارند و آن را برخاسته از هوش و نبوغ و روشن انديشى و ساير ويژگى‌هاى برجسته پيامبر صلى الله عليه و آله و سلم مى‌دانند، از اين رو دليل تضادهاى- خيالى- قرآن با تاريخ يا علم يا ناهماهنگى‌هاى- توهمى- درونى آن را اشتباه ايشان تصور مى‌كنند كه اگر وحى الهى بود، بايد از اشتباهات خالى مى‌بود.

زمينه‌هاى داخلى كه به دليل همگام نبودن برداشت‌هاى مفسران از قرآن با روند پيشرفت علوم جديد آمده است.

در يك نگاه بسيار اجمالى مى‌توان محورهاى اين شبهات را به اين صورت خلاصه كرد:

شبهات مربوط به خود قرآن كه شامل اين محورهاى فرعى مى‌شود: مصدر قرآن، نص قرآن، جمع قرآن، شكل و مضمون قرآن، قرائات قرآن، اسلوب قرآن و اعجاز آن.