علمى يا فلسفى يا غير از آن‌كه آن را مورد پسند بحث‌هاى نظرى مى‌داند، نه قرآن و ديگرى، تفسير قرآن به قرآن و درك معناى آيه به واسطه نظائر قرآن و تشخيص مصاديق آن. (طباطبايى، 1360، ص 11)

علامه تفسير خود را بر پايه روش دوم بنا نهاده است؛ (همان، ص 12) اما آيا قرآن كريم «اشارات» علمى دارد؟ پاسخ علامه به اين سؤال مثبت است و بدين روى، برخى اشارات علمى را معرفى مى‌كند. (طباطبايى، 1417، ج 13، ص 208 و ج 16، ص 217 و ج 17، صص 88 و 89 و ج 18، ص 382)

آيت‌الله معرفت (ره) در مجموعه گرانسنگ «التّمهيد» جايگاه اعجاز علمى را تبيين مى‌كند. به باور آيت‌الله معرفت (ره):

الف- اشارات علمى در قرآن «تراوشاتى» از علم خداى حكيم است.

ب- تفسير اين دست آيات به كمك علوم قطعى قابل قبول است نه علوم ظنّى و متغيّر.

پ- همواره بايد جانب احتياط رعايت شود و حتى در تفسير اين آيات با علوم قطعى نيز نبايد نظر يقينى بيان كرد، بلكه بايد گفت «احتمال» دارد كه منظور آيه اين مطلب باشد.

ت- در نقد قائلان به اشتمال قرآن بر تمام علوم بر اين باور است كه از كجا و چگونه اين همه علوم و صنايع و اكتشافات روز افزون از قرآن استنباط شده كه نه پيشينيان به آن‌ها پى برده‌اند و نه متأخران متوجه اين علوم بوده‌اند؟! (ر. ك، معرفت، 1386، ج 6، ص 34- 13)

آنگاه آيت‌الله معرفت (ره) به برخى تراوشات علمى درقرآن كريم اشاره مى‌كنند مانند: وَ جَعَلْنا مِنَ الْماءِ كُلَّ شَيْ‌ءٍ حَيٍ‌ (انبياء/ 30) و قرار داديم هر چيزى را از آب. پيامبر اكرم صلى الله عليه و آله و سلم نيز فرموده است: كل شى‌ء خلق من الماء (1362، ج 4، ص 317) طبق آيه و روايت فوق همه‌ى موجودات، منشأ هستى خود را از آب گرفته‌اند. مرحوم صدوق از جعفر بن يزيد جعفى كه از بزرگان تابعين به شمار مى‌رود، از امام باقر عليه السلام، پرسش‌هايى دارد؛ از جمله در رابطه با آغاز آفرينش جهان مى‌پرسد. امام در جواب مى‌فرمايد:

«اول شى‌ء خلقه من خلقه، الشى‌ء الذى جميع الاشياءمنه، وهو الماء» (صدوق، 1389 ق، ص 67) نخستين آفريده‌اى را كه خدا خلق كرد، چيزى است كه تمامى اشياء از آن است و آن آب است. مرحوم كلينى در روضه كافى روايتى از امام باقر عليه السلام: آورده است كه در جواب مرد شامى فرموده است: «نخست، آن چيزى را آفريد كه همه‌ى چيزها از آن است و آن چيز كه همه‌ى‌