حاكميت و نفوذ خود را بر سراسر قارّه اروپا تحميل مى‌كردند و براحتى در مقابل حكّام و سلاطين سرزمين‌هاى ديگر صف‌آرايى مى‌كردند و با آنها درگير مى‌شدند. البته اين قدرت نوسان داشت و احيانا با طغيان يك پادشاه و حاكم تضعيف مى‌شد ولى به هر حال پاپ عملا بر كلّ كشورهاى مسيحى رياست داشت و سلاطين بايد تابع او مى‌بودند و از او اطاعت مى‌كردند. اين، ادّعاى كليسا بود و تا آنجا كه مى‌توانست با تمام توان آن را اعمال مى‌كرد. اين حاكميت و تسلّط، همه زمينه‌ها از جنبه‌هاى فردى و احكام و مراسم دينى و مذهبى گرفته تا جنبه‌هاى اجتماعى و سياسى و حتّى علوم مختلف را شامل مى‌شد. آموزش‌وپرورش و تدريس و تعليم علوم از جمله رياضيات و ادبيات و نجوم، همه و همه در اختيار كشيش‌ها بود. دادگاه‌هاى تفتيش عقايد (انگيزاسيون) اين دوره و از جمله محاكمه گاليله به جرم نظريه‌اش در باب چرخش زمين به دور خورشيد، معروف و زبانزد خاصّ و عام است.

اين در حالى بود كه كليسا و مسيحيت آن زمان مايه علمى و دينى قويّى نداشت و مطالب خود را عمدتا از دانشمندان علوم تجربى و فلاسفه به عاريت گرفته بود و خود از درون مايه اصيل و محكمى برخوردار نبود.

طبعا در اين دستگاه عريض و طويل با آن وسعتى كه پيدا كرده بود و از آن طرف هم ضعف و فقر بنيان علمى و مبانى تئوريك؛ به تدريج فسادهايى پيدا شد و موجب حركت‌هايى عليه دستگاه پاپ و كليساى كاتوليك گرديد. افرادى نظير مارتين لوتر (بنيان‌گذار فرقه پروتستان در مسيحيت) از درون تشكيلات خود كليسا در پى ايجاد اصلاحاتى در تعاليم مسيحيت برآمدند و در كنار حركت‌هاى سياسى و فرهنگى اصلاح‌طلب ديگر شروع به فعاليت كردند. مجموع اين حركت‌ها منجر به شكل‌گيرى نهضت‌