اختلاف در صف مشروطه از همان آغاز پيروزى و حتى پيش از آن شروع شد. همان‌گونه كه گفته شد، تعدادى از روشنفكران وابسته با استفاده از آزادى‌هاى به‌دست آمده، در روزنامه‌هايشان، با فحاشى عليه مذهب و روحانيت، محيط را متشنج كردند. در اين شرايط، محمدعلى‌شاه از موقعيت استفاده كرد و با همكارى لياخوف روسى، فرمانده سرتيپ قزاق، تنها نيروى مدرن ايران، مجلس را به توپ بست.

بعد از اين حادثه، مشروطه‌خواهان، ازجمله ستارخان و باقرخان از تبريز، اصفهان و رشت به تهران حمله نموده و تهران را اشغال كردند. محمدعلى‌شاه به سفارت روسيه پناهنده شد و فرزند دوازده ساله‌اش، احمد، به قدرت رسيد.

در اين شرايط شيخ فضل‌الله نورى به جرم مخالفت با مشروطه اعدام‌[1] و سال بعد آيت‌الله بهبهانى ترور شد. اين اقدامات مشروطه‌خواهان، روحانيت را به‌طور كامل از مشروطه دور كرد. قبلًا علماى ايرانى مشهور عراق مانند آخوند خراسانى، تهرانى و مازندرانى از مشروطه دفاع نموده بودند.

آيت‌الله ميرزاى نائينى نيز كه با نظريه قدر مقدور خود دركتاب تنبيه الامة و تنزية الملة به دفاع از مشروطه پرداخته بود، نسخه‌هاى كتابش را جمع كرده به رودخانه ريخت.[2]

[1]. از نكات مهم در تاريخ مشروطه، بخشيده شدن عين‌الدوله مستبد و رساندن او به مقام وزارت و اعدام شيخ فضل‌الله نورى است كه حاضر نشد براى حفظ جانش به سفارت روسيه پناه ببرد. آل‌احمد اعدام شيخ را علامت سلطه غرب‌زدگى در ايران دانسته است.( جعفريان،« جنبش مشروطيت از ديدگاه امام‌خمينى»، مؤلفه‌هاى انديشه سياسى امام خمينى، ص 254 و 255)

در پاسخ به اين سؤال كه چرا شيخ فضل‌الله نورى مقابل علماى نجف ايستاد و از مشروعه دفاع كرد، بايد بگوييم، دورى آنها از تهران و وجود واسطه‌ها، بى‌اطلاعى آنها از آنچه در ايران مى‌گذشت و تبليغات منفى موجود، موجب شده بود مشروطه‌خواهان ديدگاه مثبتى نسبت به شيخ نداشته باشند؛ ازاين‌رو مقابل اعدام وى نيز واكنش جدى‌اى صورت ندادند.( همان، ص 255 و 256) شيخ نيز، درعين‌حال‌كه مقام علمى آنها را قبول داشت، به جهت بى‌اطلاعى آنان از شرايط داخل كشور، در مقابل آنها ايستاد.

[2]. دفاع كسانى مانند نائينى از مشروطه فقط براساس ضرورت تاريخى‌اى بود كه اجراى ولايت فقيه را ناممكن ساخته بود. وى در كتابش نوشت كه در عصر غيبت، بايد به مشروطه انديشيد كه بهتر از استبداد است. او به ولايت فقيه معتقد بود، اما آن را در آن زمان غيراجرايى مى‌دانست. شيخ فضل‌الله نورى نيز مى‌گويد:

اى مسلمانان! كدام عالم است كه مى‌گويد مجلسى كه تخفيف ظلم نمايد و اجراى احكام اسلام كند، بد است و نبايد باشد. تمام كلمات راجع است به چند نفر لامذهبِ بى‌دين آزادى‌طلب كه احكام شريعت قيدى است براى آنها. مى‌خواهند نگذارند كه رسماً اين مجلس مقيد شود به احكام اسلام و در اجراى آن هر روز به بهانه‌اى القاى شبهات مى‌كنند.( تركمان، رسائل، اعلاميه‌ها، مكتوبات و روزنامه شيخ فضل‌الله نورى، ج 1، ص 341)

امام نيز مى‌گويد، مرحله پيش از كودتاى رضاخان به‌گونه‌اى بوده است كه ايرانيان و مسلمانان نمى‌توانستند موضوع حكومت اسلامى را مطرح كنند. بنابراين، براى كاهش ظلم و استبداد پيروى از احكام شرع را شرط پذيرش سلطنت قرار دادند.( موسوى خمينى، صحيفه نور، ج 3، ص 94)