امام، بارها وب ارها در برابر رژيم‌ها كوشيد كه موضع واحده نهاد مرجعيت را نشان دهد. ارج مراجع را در پيش آنان نمايان كند. با اين رفتار، امام مى‌دانست كه از قدر خويش نمى‌كاهد، بلكه با افزايش ابهت و حرمت نهاد مرجعيت، دستگاه دينى شيعى را قدرتمند مى‌سازد. از آن جمله مى‌توان به حكايت ذيل نمونه آورد:

خبر داده شد به منزل امام در نجف كه از طرف حكومت از بغداد آمده‌اند و آية اللّه شاهرودى را احضار كرده‌اند كه برود بغداد ... وقتى اين مطلب به عرض امام رسيد، امام به من فرمودند كه بروم منزل آية اللّه شاهرودى و اين مطلب را تحقيق كنم. من هم امتثالا رفتم و تحقيق كردم. ديدم مطلب همين‌طور است ... امام من را شبانه امر فرمودند بروم كربلا و مطالبى فرمودند كه در آن‌جا به استاندار كربلا بگويم- چون آن وقت نجف فرماندارى بود- ... خلاصه‌اش اين بود كه امام بزرگوار اين قدر آقاى شاهرودى را بزرگ كردند در فرمايشاتشان ... بعد از دوت يا سه روز تلفن زدند و غائله ختم شد.[1] در زندگى امام، ادب برخورد در برابر مراجع را مشاهده مى‌كنيم. با آن كه پاره‌اى از مراجع در همدلى و همراهى با حضرتش، دريغ ورزيدند، اما اين گونه برخوردها از موضع كريمانه و محترمانه امام نكاست. با مواضع سياسى آنان، با سعه صدر برخورد كرد. به مناسبت‌هاى معمولى، از ارسال پيام تسليت و يا برخى از آداب ديگر، رونتافت. در زبان و قلم، جمله‌اى كه از شأن آنان بكاهد و يا چنان ذهنيتى را بيافريند، ادا نكرد. اين‌همه در شرايطى بود كه‌

[1] - سرگذشت‌هاى ويژه، ج 1، ص 13، خاطرات عبد العلى قرهى.