شخصا با فلسفه مخالف نيستند .... آن‌گاه افزودند: آقاى بروجردى را نمى‌شود ديد، آن هم براى اين كار ... به نظرم خوب است چند ماهى آقاى طباطبائى تمارض كنند .... به آن شاگرد فاضل حاضر هم فرمودند: تو هم يا [فلسفه‌] نگو يا چند ماهى تعطيل كن تا سر و صدا بخوابد. ولى او كه ذاتا قدرى جسور بود، گفت: حاج آقا من كه تعطيل نمى‌كنم ... ولى امام با كمى عصبانيت فرمودند: همين كه گفتم. جوانى نكن، با مراجع مسئول حوزه نمى‌شود طرف شد.[1] امام، اين موضع را در برابر مراجع متنفذ ديگر هم داشت. داستان برخورد امام با عنوان زعيم حوزه علميه كه در روى جلد رساله تحرير ايشان نگاشته بودند مشهور است:

اولين بار كه كتاب تحرير الوسيله ايشان در نجف اشرف به چاپ رسيد، روى آن نوشته بودند: زعيم الحوزات العلميه ... اين لقب خاصى بود كه به آقاى خوئى داده مى‌شد. وقتى كه اين كتاب منتشر شد و امام آن جمله را ديدند. مسئول را خواستند. گفتند: اين كار را به دستور چه‌كسى كرده‌ايد؟

اولتيماتوم دادند كه: «اگر اين جمله را از پشت جلد برنداريد، دستور مى‌دهم تمام اين كتاب را بريزند توى دجله». بعد آنها به دست و پا افتادند. روى جلد يك آرمى زدند كه اصلا اين كلمه زعيم الحوزات العلميه خوانده نمى‌شد.[2] امام، چنان روش و شيوه‌اى را نيز از شاگردان و هوداران خويش مى‌طلبيد.

توهين به مراجع را ناروا مى‌شمرد، تندروان و آتشين مزاج‌ها را مورد

[1] - همان، ج 6، ص 65، خاطرات آقاى دوانى.

[2] - همان، ج 1، ص 92، خاطرات سيد حميد روحانى.