آيت‌الله شاه آبادى كه تا سال 1314 در قم بوده است.[1] وى در اين دوران مدارج علمى را پيمود و به‌عنوان شخصيتى علمى در ميان روحانيان هم‌عصر خود در حوزه شناخته شد. جامعيت علمى امام را مى‌توان در آثار علمى برجاى مانده از ايشان به نيكى مشاهده كرد. وى در اين سال‌ها كتاب‌هاى متعددى تأليف كرد كه بخشى از آنها رسائل عرفانى و كلامى است كه اغلب در سنين جوانى به نگارش درآمده‌اند. براى نمونه، وى در سال 1307 و در بيست و هفتمين سال زندگى خود شرحى عرفانى بر دعاى سحر نوشت. بخش ديگرى از آثار امام در حوزه فقه و اصول فقه و يا در حوزه سياسى- اجتماعى است كه فهرست آنها در پى مى‌آيد:

رديف----- نام اثر----- سال تأليف----- موضوع‌

1----- شرح دعاى سحر----- 1307----- عرفانى‌

2----- تعليقه بر شرح قوائد الرضويه----- 1308----- عرفانى‌

3----- مصباح الهدايه الى الخلافة و الولايه----- 1309----- عرفانى- كلامى‌

4----- تعليقات على شرح فصوص الحكم و مصباح الانس----- 1315----- عرفانى‌

5----- سرالصلوه، معراج السالكين و صلوه العارفين----- 1318----- عرفانى‌

6----- شرح چهل حديث----- 1318----- عرفانى- كلامى‌

7----- آداب الصلوه----- 1321----- عرفانى‌

8----- طلب و اراده----- 1331----- كلامى- فلسفى‌

9----- ديوان امام---------- عرفانى- ادبى‌

10----- انوار الهدايه فى التعليقه على الكفايه----- 1328----- اصولى- فقه‌

11----- مناهج الوصول الى علم الاصول----- 1330----- اصول فقه‌

12----- رسائل (دو جلد)----- 32- 1327----- اصول فقه‌

13----- تعليقه على العروه الوثقى----- 1335----- فقهى‌

14----- كتاب الطهاره (سه جلد)----- 37- 1333----- فقهى‌

15----- تهذيب الاصول----- 39- 1333----- اصول فقه‌

16----- مكاسب محرمه (در شش جلد)----- 40- 1337----- فقهى‌

[1]. رضا استادى،« مشايخ امام‌خمينى»، كيهان فرهنگى، خرداد 1368، ش 3، ص 10- 8.