ويذكر عن الحجاج بن يوسف الثقفي المتوفي سنة 95 هجرية أنه غَيّر الرسم القرآني بأمر عبد الملك بن مروان في اثني عشر موضعاً، وذلك بتكليفه لنصر بن عاصم الليثي ويحيى بن يعمر العدواني، وهما تلميذا أبا الأسود الدؤلي وكان التغيير في هذه السور بهذا النحو ففي سورة البقرة آية (259) (لم يتسن) فغيرها إلى (لم يتسنه) بالهاء وفي سورة المائدة آية (48) (شريعة ومنهاجا) فغيرها إلى (شرعة ومنهاجا) وفي سورة يونس آية (22) (هو الذي ينشركم) فغيرها إلى (يسيركم) وفي سورة يوسف آية (45) (أنا آتيكم بتاويله) فغيرها إلى (أنا أنبئكم بتاويله) وفي سورة المؤمنين آية (87) (سيقولون لله) فغيرها إلى (سيقولون الله) وفي سورة الشعراء في قصة نوح (ع) آية (116) (من المخرجين) وفي السورة نفسها في قصة لوط (ع) آية (117) (من المرجومين) وجعل التي في قصة لوط (من المخرجين) وفي سورة الزخرف آية (32) (نحن قسمنا بينهم معايشهم) فغيرها ب- (معيشتهم) وفي سورة الحديد آية (7) (الذين آمنوا منكم أتقو) فغيرها (وأنفقوا) وفي سورة التكوير آية (24) (وما هو على الغيب بضني) فغيرها إلى (بضنين) وهكذا ذكره بعضهم، إلا أنه لم يثبت عندنا ذلك، كيف يحدث هذا وهو يقتضي التحريف والتبديل والتغيير في القرآن الكريم؟ وإن الوالد حفظه الله قد قام بعدة مذاكرات مع علماء المسلمين في طبع القرآن الكريم بنحو ينبه فيه إلى كل كلمة خالف رسمها قراءتها بجعل رقم عليها ويكتب في ذيل الصفحة رسم قراءتها ويجعل ذلك الرقم بجنبه، وبالفعل قامت بعض المطابع بذلك.

وفي نهاية القرن الثالث الهجري تحسن رسم القرآن جيلا بعد جيل، وقد روى لنا التاريخ كما في طبقات (السبكي ج 3 ص 230) أنه اهدي للوزير نظام الملك مصحف بخط أحد الكتاب المجودين بالخط الواضح، وقد كتب كاتبه اختلاف القراء بين سطوره بالحمرة، وتفسير غريبة بالخضرة، بالزرقة وكتب بالذهب علامات على الآيات التي تصلح لجعلها في العهود والمكاتبات وآيات الوعد والوعيد، وما يكتب في التعازي والتهاني.