كان والده العلامة الورع الشيخ خضر، فكان من العلماء العاملين، قال الشيخ جعفر رحمه الله في الرسالة التي رد بها على الميرزا محمد الأخباري عن والده:

خرج الوالد من قرية جناجية (وهي من أعمال الحله) الى النجف وأشتغل بتحصيل العلم وعرف بالصلاح والتقوى والفضيله وكان الفضلاء والصلحاء يتزاحمون على الصلاة خلفه وقال السيد السند الواحد الأوحد، واحد عصره، وفريد دهره العابد الزاهد الراكع الساجد، العالم العامل، والفاضل الكامل، المرحوم المبرور مولانا السيد هاشم رحمه الله تعالى، قال في حقه:

من أراد أن ينظر الى وجه من وجوه الجنه فلينظر الى وجه الشيخ خضر ولما حضرت السيد الوفاة أوصى أن يقف على غسله وكانت الكرامات تنسب أليه، وجميع العلماء مطلعون على حاله ونسب أليه ملاقات صاحب الأمر روحي له الفداء أو الخضر أو كلاهما معاً، وأنه فتحت له باب سيد الشهداء (ع) وسائر الأئمه عليهم السلام وتوفي في عام 1180 ه-. رحمه الله وطيب ثراه ودفن في الأيوان قرب قبر العلامه الحلي قدس سره وللشيخ خضر أربعة أولاد ولكل منهم أعقاب كثيرة منتشره وهم:

1- الشيخ حسين وهو جد أل الخضري.

2- الشيخ محمد وهو جد أل العلوي.

3- الشيخ جعفر الكبير جد أل كاشف الغطاء.

4- الشيخ محسن وهو جد أل الشيخ راضي.

ولكل من هؤلاء المشايخ أولاد وأحفاد من فطاحل العلماء والكتب الزاخرة التي تزدهر بها مكاتب النجف وغير النجف وكلهم عباد زهاد قدوة لعلماء زمانهم.