انتهى من البحث أشكل عليه الميرزا (قدس سره) بأن الاستدلال محل تأمل لأن النجاسة مانع علمي لاواقعي، كما لا يصح الاستدلال بها على الاستصحاب لأن هذا الكبرى لا تنطبق على المورد فليس هناك انسجام بين الكبرى التي ذكرها الإمام (ع) وبين المورد باعتبار أن المانع من صحة الصلاة النجاسة المحرزة فإذا كان المانع ذلك وشك المكلف في نجاسة ثوبه وصلّى فسواءً جرى في حقه الاستصحاب أم لم يجرِ فَما دام أنه لم يحرز النجاسة تكون صلاته صحيحة واقعاً. إذن فتطبيق الإمام لكبرى الاستصحاب على المورد غير واضح. وكان في الحضور الشهيد السيد الصدر (قدس سره) فأيّد الإشكال على السيد الخوئي (رحمه الله). وبدأت العلاقة الحميمة بين الاستاذ وتلميذ وبدأت الرعاية المستمرة من قبل استاذه السيد الخوئي (قدس سره) فحضر بحثه تسع سنوات اصولًا وفقهاً حتى أكمل الدورة الاصولية على يديه. ثم بعد ذلك قال له السيد الخوئي (رحمه الله) بنفسه: ابدأ البحث. فبدأ البحث الخارج بعد فراغه من الحضور على يد السيد الخوئي (قدس سره). يقول: وبعد مدّة رآه عند مسجد الخضراء فما سألني لم انقطعت عن البحث، بل سألني سؤالًا واحداً قال: ميرزا ما هو الفرق بين شركة الورثة مع مقدار الدين الباقي على ملك الميت في التركة وشركتهم مع الموصي له عند تعلّق الوصية بالثلث‌