گويا اوّل بار است كه صوت قرآن را مى‌شنوند؛ و به خود مى‌آيند كه: چرا من تا به حال از يادگيرى علوم قرآن غافل بوده‌ام و با سخنان خداوند متعال آشنا نشده‌ام؟!

در پى اين انقلاب درونى تصميم به كسب فيض در زمينه علوم فلسفى و عرفانى مى‌گيرند و فرادى همان روز با صاحبان آن احشام كه آن‌ها را مراقبت مى‌نموده‌اند تسويه حساب مى‌كنند و مى‌گويند: من ديگر از فردا سر كار نمى‌آيم.

چارپاداران مى‌پندارند كه به ميان آوردن اين مطلب بدان سبب است كه ايشان طلب مزد بيشترى دارند و بهانه‌جويى مى‌كنند و چون ايشان مشهور به اخلاص و صفاى ظاهر و باطن بوده‌اند، با افزايش مستمرّى ايشان موافقت مى‌كنند، ولى مرحوم طالقانى در مقابل مى‌فرمايند: نه، تصميم گرفته‌ام. تمام شد.!

از فرداى همان روز عزمشان را جزم مى‌كنند و در پى كسب علم و فضيلت مى‌كوشند. به دليل فقر فرهنگى و اجتماعى طالقان براى تحصيل در باب مسائل دينى، عرفانى و فلسفى به اصفهان عزيمت مى‌كنند و مدّت حدود ده سال در اصفهان كه مهد ايمان و علم و فرهنگ بود كسب فضيلت مى‌كنند و قبل از آن مدتى كم در تهران توقف داشتند. گفته مى‌شود با آن‌كه عمر ايشان هنگام شروع تحصيل سى و اندى بوده، ولى نسبت به طلبه‌هاى جوان و نوجوان، مطالب را بهتر و سريع‌تر درك مى‌كرده است و بدين سبب لقب شيخ نابغه‌[1] را به ايشان داده بودند.

ديرى نمى‌پايد كه به سبب استعدادهاى فراوان ايشان در مسائل عرفانى و فلسفى در ميان طلبه‌هاى مدارس حوزوى شهرت خاصى پيدا مى‌كنند. البته ايشان به سبب رجحانى كه براى عرفان و فلسفه قائل بودند، در زمينه اين علوم، طلاب را آموزش مى‌دادند. از اساتيد برجسته ايشان مى‌توان ميرزا جهانگيرخان [قشقايى‌]، ملا احمد كاشانى، ابو المعالى كلباسى، و تنى چند از علماى معروف را نام برد.

طبق فرمايش مرحوم پدرم، آية الله العظمى سيد حسين بروجردى نيز در آن برهه از زمان در زمينه مسائل عرفانى و اخلاقى از محضر آية الله شيخ مرتضى طالقانى استفاده مى‌كرده است.

[1]. شيخ در زبان عربى به معناى بزرگ است.