بَهج الصِباغه شرحى مفصل و در چهارده جلد بر كتاب نهج البلاغه است. اين شرح به گونه موضوعى ترتيب يافته است و مؤلف مباحث هر موضوع را در كنار هم جاى داده است. علامه شوشترى در اين اثر حديثى همچنين به آثار پيشين نظر داشته و با حالتى منتقدانه، روش و كتاب را نقد كرده است.

قاموس الرجال، حواشى انتقادى ايشان بر كتاب تنقيح المقال علامه مامقانى است. اين مجموعه كه با تكيه بر حافظه خارق العاده و مطالعات بى‌نظير ايشان پديد آمده است موجب تكميل و تتميم كتاب تنقيح المقال گشته است.

الأخبار الدخيله از جمله كتابهاى ابتكارى ايشان است. علامه شوشترى در اين اثر به بررسى روايات مختلف پرداخته و نارساييهاى موجود در متن را كه معمولًا از سوى ناسخان پديد آمده است، معرفى و برطرف مى‌سازد.