فوجود هذه الأسماء بين إخوته ، وأيضاً تسميته بأكثر من اسم ، دعت المؤرّخين وأصحاب المقاتل أن يكنّوه بكنية أبي بكر تمييزاً عن إخوانه .

ومعنى هذا أنّ كنية «أبي بكر» قد أُطلقت عليه بعد مقتل الحسين ، ولم يكن يعرف بها في الصدر الأوّل ، في حين هناك نصوص توحي بأنّ هذه الكنية كانت موضوعة عليه منذ زمن الإمام علي بن أبي طالب(عليه السلام) وعلى لسان معاويه .

وهناك عبدالله آخر وهو أخو العباس وجعفر وعثمان أبناء أمير المؤمنين من أم البنين بنت حزام الكلابية ، والذي استشهد في الطف مع أخيه الحسين .

ومحمّد الأصغر هو من ابن أمّ ولد ، وهذا أيضاً استشهد مع أخيه الحسين في كربلاء .

وبما أنّ أبا بكر بن علي المسمى بعبدالله أو محمّد قيل عنه أ نّه كان من المستشهدين في كربلاء فلا يستبعد أن يكون النسّابة والمؤرخون وأصحاب المقاتل ميّزوه عن أخويه بكنية أبي بكر .

وهناك احتمال آخر وهو أن تكون هذه الكنية أخذت من محمّد بن عبدالله بن جعفر بن أبي طالب المكنّى بأبي بكر والمستشهد في كربلاء ، لأنّ أباه عبدالله بن جعفر هو ابن أسماء بنت عميس والتي تزوّجها الإمام علي بعد جعفر وأبي بكر ، وكذا هو زوج ليلى النهشلية ـ أم عبدالله بن علي المكنّى بأبي بكر ـ فقد تكون هذه الكنية جاءته لهذا الأمر .

وهناك احتمال ثالث وهو أنّ يكون هذا هو ابن الإمام الحسن المجتبى لا الإمام عليّ المباشر ، لورود اسمه في الزيارة وأنّ قاتله هو عبدالله الغنوي أو عقبة الغنوي ، والذي قيل عنه بأ نّه وجد في ساقه مقتولا ، أو أنّ رجلا من همدان قد قتله