نخستین شاگرد ممتاز مکتب پیامبر، علی علیه السّلام با همین گرفتاری رو به رو شد. از این رو، نسخه دوم نفس نبوی، در مراحل زیادی با هم تطابق پیدا کرد. در آن لحظه که امیر مؤمنان از پاک کردن لفظ «رسول اللّه» امتناع ورزید، پیامبر گرامی صلی اللّه علیه و آله و سلّم رو به علی کرد و از آینده پسر عم خود علی که کاملا با وضع پیامبر مشابه بود، چنین گزارش داد:
علی! فرزندان این گروه تو را به چنین امری دعوت می‌کنند و تو با کمال مظلومیت به چنین کاری تن می‌دهی. [2]
این مطلب در خاطره علی علیه السّلام باقی بود تا اینکه جریان جنگ صفین پیش آمد و