فرهنگى برخى به شهادت رسيدند و برخى ديگر، به دليل وجود گرفتاريها و مسؤوليتهاى ديگر، نتوانستند در ستاد حضورى فعّال داشته باشند در نتيجه خط مشى ستاد به گونه اى ترسيم و دنبال شد كه نه تنها با وحدت حوزه و دانشگاه سازگار نبود، بلكه تا حدودى در جهت مخالف آن نيز بود.

تنها كارى كه، به دليل حضور روحانيون در ستاد مزبور، انجام شد اضافه كردن دروس معارف اسلامى به دروس دانشگاهى بود. از بدو تأسيس ستاد، به آنها تذكر داده مى شد كه ضرر عمل به شيوه اى كه در پيش گرفته بودند بيش از نفع آن است. اگر قرار است كه دروس معارف اسلامى جزو دروس دانشگاهى باشد بايد از ابتدا به فكر كتاب و استاد بود. اما متأسفانه به اين مسائل توجهى نشد. در نتيجه، هنوز هم در اين زمنيه مشكلات فراوانى وجود دارد، هم از نظر كتاب و متون درسى و هم از نظر استادان كار آمد.

2. رفتار برخى از افراد عامل ديگرى است كه روند وحدت حوزه و دانشگاه را دچار مشكل ساخته است. افرادى هستند كه متأسفانه گاهى دانشگاه متأسفانه حتى در دانشكده الهيّات سخنانى را مطرح مى كنند كه نظام جمهورى اسلامى و عقايد دينى را زير سؤال مى برد: ولايت فقيه را فاشيسم، ضد دموكراسى و نظامى چماق بدست مى خوانند و بالاتر از آن، در مورد قرآن كريم مى گويند: «دليلى نداريم كه قرآن راست باشد و اصلا معجزه خلاف علم است». در اثر القاى اينگونه شبهات عده اى از دانشجويان از نماز و عقايد دينى خود دست كشيده اند و عده اى ديگر نيز دچار شك و ترديد شده اند. اگر حوزه و دانشگاه دست به دست هم مى دادند و با يكديگر همكارى فعّالانه اى داشتند كار به اينجا نمى رسيد.