ولي يک دسته از مسائل عقلي نظري باقي ماند که موضوع آنها فراتر از موضوعات يادشده بود و اختصاصي به هيچ‌يک از موضوعات خاص نداشت.

گويا براي اين مسائل، نام خاصي را مناسب نديدند و به مناسبت اينکه بعد از طبيعيات مورد بحث قرار مي‌گرفت، آنها را «مابعد‌الطبيعه» يا «متافيزيک» ناميدند. موقعيت اين مسائل نسبت به ساير مسائل علوم نظري، همان موقعيت‌ «سماع طبيعي» نسبت به علوم طبيعي است و همان‌گونه که موضوع آن «جسم مطلق» قرار داده شده، موضوع مابعد‌الطبيعه را هم «موجود مطلق» يا «موجود بما هو موجود» قرار داده‌اند تا تنها مسائلي را که اختصاص به موضوعات علوم خاص ندارد، در پيرامون آن مطرح نمايند، هرچند همه اين مسائل، شامل همه موجودات نشود.

بدين‌ترتيب علم خاصي به‌نام «مابعد‌الطبيعه» يا «متافيزيک» به وجود آمد و بعداً به‌نام «علم کلي» يا «فلسفه اُولي» نيز ناميده شد.

چنان‌که قبلاً اشاره کرديم در عصر اسلامي، مسائل متافيزيک با مسائل خدا‌شناسي درهم ادغام شد و به‌نام «الهيات بالمعني الاعم» نام‌گذاري گرديد. گاهي به مناسبت، مسائل ديگري مانند مسائل معاد و اسباب سعادت ابدي انسان و حتي پاره‌اي از مسائل نبوت و امامت نيز به آنها ضميمه شد، چنان‌که در الهيات شفاء، ملاحظه مي‌شود. اگر بنا باشد که همه اين مسائل به‌عنوان مسائل اصلي يک علم تلقي شود، و بعضي از آنها به‌صورت تطفل و استطراد نباشد، بايد موضوع اين علم را خيلي وسيع در نظر گرفت و شايد تعيين موضوع واحد براي چنين مسائل گوناگون، کار آساني نباشد. به همين جهت تلاش‌هاي مختلفي براي تعيين موضوع و بيان اينکه همه اين محمولات از عوارض ذاتيهٔ آن هستند انجام گرفته، گرچه چندان موفقيت‌آميز نبوده است.

به‌هر‌حال، امر داير است بين اينکه ساير مسائل نظري (غير از طبيعيات و رياضيات) به‌عنوان علم واحدي در نظر گرفته شود و با تکلف، موضوع واحدي براي آنها منظور گردد، يا معيار و ملاک هم‌بستگي و وحدت آنها،وحدت هدف و غايت قرار داده شود، و يا