يبق في طائفة واحدة، و إنما كان ينتقل من طائفة إلى أخرى. أما في أعماقه، فكان فيما يروى عنه يدين بالمانوية و كتب عدة كتب عن الثنوية المانوية [51] .

و لكن أبا عيسى ألف كتبا للشيعة أيضا، دافع فيها عن الأفكار الشيعية حول الإمامة. و هاجم في بعض كتبه الجاحظ المذكور و المعتزلة، و يعود السبب في ذلك إن أن المعتزلة كانوا قد ردوا عليه و على الشيعة بصورة حادة، و وصفوه فيها بالزنديق و المنافق، الذي يتظاهر بأنه شيعي، و لكنه في أعماقه يكره عليا، و قد أرادوا بذلك إبعاده عن الشيعة.

لقد دافع المرتضى عن أبي عيسى في كتابه الشافي، و أوضح أن الاتهامات الموجه إليه لا مبرر لها و أنها كتبت بدافع البغض و الحسد نكاية بالشيعة. و الكتابان، كتاب الأشراف و النوح على البهائم، اللذان كتبا حسب الفكر الثنوي المانوي، لم يكتبهما هو، و إنما كتبها الناس الذين يدينون هم أنفسهم بالمانوية و يستغلون اسمه بدافع العداوة له‌ [52] . و قد قدر المرتضى محتوى كتب أبي عيسى تقديرا كبيرا و اقتبس الكثير منها لنفسه‌ [53] . كانت مقدرة أبي عيسى الأدبية و طريقته في الكتابة جيدتين جدا، و قد ساعدتا على انتشار مؤلفاته. و أشهر كتبه هي:

1) كتاب السقيفة؛

2) كتاب الإمامة؛

و هذان الكتابان يعالجان مسألة الإمامة من وجهة نظر الشيعة، و لذلك يهاجم المعتزلة و أهل السنة هجوما لا شي‌ء فيه من الرفق و اللين.

و يقول إن إمامة علي بن أبي طالب قد قامت فعلا بالنص الجلي، و لذلك قال أهل السنة إن مسألة النص الجلي إنما طرحها هشام بن الحكم

[51] خنداني النوبختي، ص 84 و ما بعدها.

[52] كتاب الشافي، ص 13، و خنداني النوبختي، ص 85.

[53] منتهى المقال، ص 296.