أكابر العلماء من أمثال الميرزا النائيني (قدس سره) و غيره، و بعد انقضاء ستّ سنوات على إقامته هناك رجع إلى مدينة مشهد.

و نظرا لما يتمتّع به السيّد من قدرات ذاتية و مواصفات متميّزة و تواضع قلّ نظيره، صار واحدا من علماء الطراز الأول في مدينة مشهد، حيث كان ممّن تهوي إليه قلوب الناس.

و قد نقل المرحوم آية الله السيد هادي خسرو شاهي أنّ صلاة الجماعة التي كان يقيمها السيد الصدر في المشهد: أنها قد تميّزت من غيرها من الناحيتين: الكيفية و الكمية.

و بعد فترة من إقامته في مشهد طلب منه المرجع الكبير، مؤسس الحوزة العلمية في قم آية الله العظمى الشيخ عبد الكريم الحائرى التوجّه إلى مدينة قم، ليكون عونا له في بناء صرح حوزة قم، فلبّى نداء الشيخ الحائري، فكان أحد المراجع الذين نشطوا في إدارة الحوزة العلمية في قم في الحقبة المظلمة من عصر الطاغية رضا شاه بهلوي.

و استمرّ السيد الصدر بإلقاء الدروس و التصدّي للمرجعية بعد رحيل مؤسس الحوزة العلمية في قم، إلى أن وافاه الأجل المحتوم في يوم السبت 19 ربيع الآخر سنة 1373 في مدينة قم، و صلّى عليه آية الله العظمى البروجردي و دفن جسده الشريف بجوار العلويّة الطاهرة السيدة فاطمة المعصومة، في المحلّ الذي يسمّى «بالاسر» .

و من الذكريات الجميلة و المفيدة نقلت بشكل مختصر، نكتفي بنقل بعض منها، فقد ذكر المرحوم آية الله الحاج السيّد أحمد الزنجاني في كتابه الكلام يجرّ الكلام‌ [1] :

أنّ آية الله السيّد صدر الدين الصدر أرّخ لوفاة الراحل الشيخ عبد الكريم الحائري مؤسس الحوزة العلمية ببيت شعر على حساب الجمل، و شطر البيت هو:

لدى الكريم حلّ ضيفا عبده....

و بعد أيّام رأى السيد الصدر (رحمه الله) في المنام بستانا جميلا ملئ روعة و صفاء، و قد جلس الشيخ الحائري (رحمه الله) في قصر منيف و قدّم له شرابا، قال الشيخ الحائري:

إنّ هذا الشراب خاصّ بي، و سيقدّم لك شراب آخر، و حينئذ سأل السيد الصدر عن حاله، فأجابه: لدى الكريم حلّ ضيفا عبده.

[1] . الكلام يجرّ الكلام، ج 1، ص 108.