توفيق أن يبث التفرقة في صفوف الزعماء، فعقد اجتماعا يوم 27 مايو حضره من العلماء الشيخ محمد الإنبابي شيخ الجامع الأزهر و الشيخ محمد عليش و الشيخ حسن العدوي و الشيخ أبو العلا الخلفاوي و حضره شريف باشا و كبار النواب و الضباط و عرض الخديو على المجتمعين تشكيل وزارة برياسته، و قبول المذكرة الإنجليزية الفرنسية. فأجاب طلبة باشا عصمت على كلام الخديو قائلا «إننا مطيعون لجناب السلطان الشاهاني و للجناب الخديوي. و لكن هذه اللائحة يستحيل علينا تنفيذها، و لا حق للدولتين في طلب تنفيذها، فهي تتعلق بمسائل من اختصاص الباب العالي أن ينظر فيها و يستحيل علينا قبول أحد رئيسا للجهادية خلاف رئيسنا أحمد عرابي»، و وافق على قوله الشيخ عليش و العلماء جميعا. ثم غادر طلبة باشا مجلس الخديو بدون استئذان و تبعه الضباط و العلماء.

و بعد ضرب الإسكندرية في 11 يولية عام 1882 هب عرابي باشا للدفاع عن البلاد، فأصدر الخديو أمر بعزله في 10 يولية، و بناء علي ذلك اجتمع المؤتمر الوطني للمرة الثانية في 22 يولية سنة 1882 ليقرر موقف الأمة من الخديو الذي أعلن بتصرفاته انضمامه إلى الإنجليز. و تلا الشيخ محمد عبده على أعضاء المؤتمر أوامر الخديو التي تثبت إدانته و منشورات عرابي باشا التي تدعو إلى الدفاع عن الوطن. ثم ألقى علي باشا الروبي خطبة ندد فيها بموقف الخديو المزرى إزاء قضية البلاد، ثم تليت فتوى شرعية أصدرها العلماء بمروق الخديو عن الدين لانحيازه إلى الجيش المحارب لبلاده، فأصدر المؤتمر الوطني قراره التاريخي بعزل الخديو و وقف أوامره و تكليف عرابي بالدفاع عن البلاد، و تكليف المجلس العرفي بتبليغ هذه القرارات للسلطان، و وقع الحاضرون على ما قرره المؤتمر الوطني و كان من بين العلماء الموقعين على ذلك: الشيخ محمد الإنبابي شيخ الجامع الأزهر، الشيخ حسن العدوي، الشيخ عبد اللّه الدرسناوي مفتي الحنفية، الشيخ محمد عليش مفتي المالكية، الشيخ يوسف الحنبلي مفتي الحنابلة، مفتي الأوقاف؛ الشيخ عبد الهادي الإبياري، الشيخ محمد