وهكذا استمرّت سامرّاء محوراً لإشعاع العلم، وكعبة لآمال العلماء، ومحطّ أنظار الفضلاء في التعليم والتعلّم وتربية الأخلاق وتهذيب النفس إلى أن فُجِعَ العالم الإسلاميُّ والمسلمون بوفاة السيّد المجدّد الشيرازيّ .

وانتقلت المرجعيّة والزعامة الشيعيّة من بعد المجدّد الشيرازيّ إلى السيّد الصدر، وسلّم أولاد المجدّد الشيرازيّ ما بقي من أموال وحقوق شرعيّة بحوزة السيّد الشيرازيّ إلى السيّد الصدر.

وكان السيّد الصدر زاهداً في الزعامة والمرجعيّة; ولهذا عزم بعد وفاة اُستاذه المجدّد الشيرازيّ بسنتين على ترك بلد مرجعيّته وقتئذ، وهو سامرّاء، فترك سامرّاء مهاجراً إلى النجف الأشرف، وطلب من العلماء والأكابر أن لايتركوا سامرّاء، وحينما وصل في سفره إلى كربلاء استخار الله تعالى في الإقامة بالنجف الأشرف، فكانت الاستخارة تدلّ على النهي، فاتّخذ من كربلاء مقرّاً له، وقد هاجر من سامرّاء عدد من العلماء والفطاحل على رغم طلبه منهم عدم المهاجرة، والتحق بهم بعد ذلك آخرون، وأصبحت كربلاء كعبة آمال العلماء والفضلاء إلى أن تمرّض السيّد الصدر في سنة (1334 هـ )، فسافر إلى الكاظميّة للعلاج، وتحسّن حاله في أوّل الأمر، ولكن تدهورت صحّته بعد ذلك على أثر كبر السنّ وضعف المزاج وحوادث الدهر، وتوفّى بتأريخ (12 / جمادى الاُولى / 1338 هـ )، ودفن بجوار جدّه موسى بن جعفر في مقبرة عائليّة لآل الصدر. ورثاه الشعراء والأدباء والفضلاء بقصائد وأبيات كثيرة، وقال