اعتقل سنة (1397 هـ )، في شهر صفر، في أعقاب انتفاضة الأربعين، وكنت أنا ـ وقتئذ ـ في إيران.

قال الشيخ محمّدرضا النعمانيّ: «لقد اهتمّ السيّد الشهيد بالتخطيط لانتفاضة صفر سنة (1397 هـ ); ولذا كان أمرني بتقديم الأموال إلى المواكب كافّة، وأن لا أردّ أيّ طلب من أيّ موكب أو (تكية) صغيرة كانت أو كبيرة، وكان يقول: إنّ هذه المواكب شوكة في عيون حكّام الجور، إنّ هذه المواكب وهذه المظاهر هي التي زرعت في نفوس وقلوب الأجيال حبّ الحسين وحبّ الإسلام، فيجب أن تبقى على رغم حاجتها إلى تهذيب وتعديل يناسب العصر.

كان السيّد الشهيد يتابع أحداث الانتفاضة متابعة دقيقة، سواء في داخل النجف أو في الطريق بين النجف وكربلاء، وكان في غاية السرور حين تتوارد عليه الأنباء بنجاح الانتفاضة وشجاعة الزوّار في تحدّي السلطة الجائرة، وكذلك أنباء وقوف بعض قطعات الجيش العراقيّ، وعدد من أعضاء حزب البعث الحاكم إلى جانب الثوار الأبطال، وكان يأمل أن يستفيد في المستقبل من هذه العواطف والمواقف.

لكنّ السلطة البعثيّة الجائرة كعادتها في قمع الانتفاضات بالنار