او در جمادى الاولى سال 597 در طوس (از استان خراسان) به دنيا آمد، نام
پدرش محمد بن الحسن طوسى بود. نامش محمد[2]، كنيهاش أبو جعفر، و ملقب
به نصير الدين بود.
در عقليات شاگرد فريد الدين داماد[3] و در شرعيات شاگرد پدر بزرگوار خود[4]، و در رياضيات شاگرد كمال
الدين يونس موصلى بود، و در كليه علوم زمان به درجات عالى نائل آمد.
او مدتى بخاطر آنكه مورد خشم و غضب ناصر الدين عبد الرحيم بن أبي
منصور، حاكم قهستان كه از امراى اسماعيليه بود قرار گرفته و در قلاع اسماعيليه
محبوس بود، و در آن ايام بود كه بيشتر تحريرات رياضى او و شرح اشارات و اساس
الاقتباس نوشته شد، و بالاخره در حدود سال 654 با پيروزى هلاكوخان بر اسماعيليان و
فتح قلاع اسماعيليه، خواجه نجات پيدا كرد[5]، اما گرفتار دربار هلاكوخان
مغول شد ولى از آن فرصت به خوبى استفاده كرد، آنان را نصيحت و هدايت مىفرمود و شر
آنان را از شيعه بازداشت، و خود به ترويج دين شيعه و شرح كتب فلسفى و رياضى
پرداخت، آنگاه رصدخانه در مراغه مرتب ساخت[6]. و در همان محل كتابخانهاى كه مشتمل بر چهار صد نسخه كتاب بود فراهم
كرد[7].
او در آخرين سفرى كه در سال 672 با جمعى از شاگردانش به بغداد رفت
بيمار شد و در همانجا درگذشت، و طبق وصيت خودش