3 ـ تميّز النديم بذكر أسماء الكتب التي ينسبها إلى أصحابها دائماً، فيما اعتمد النجاشي والطوسي طريقة غريبة في ذِكر بعض الكتب؛ إذ يذكران اسم المصنِّف ثمّ يكتفون بالقول: «له كتاب» دون أن نعرف شيئاً عن هذا الكتاب، وقد وقع هذا في كتابيهما كثيراً.

4 ـ أدرج الشيخ الطوسي خاصّة، والنجاشي بدرجة أقلّ، أسماء بعض المصنّفين ـ ومن بينهم مؤرّخين ـ ليسوا من الشيعة؛ لمجرّد أنّهم صنّفوا كتاباً في أهل البيت عليهم السلام، يظهر فيه الحبّ والنصرة، فيما أهملا ذِكر مؤرّخ كبير لا شكّ في تشيّعه، كاليعقوبي مثلاً، وتفرّد النديم بنسبة الواقدي إلى التشيّع، وقد أهمل النجاشي والطوسي ذِكره، والاَرجح أنّ الصواب معهما دون النديم.

5 ـ معظم الكتب التي ذكرها النجاشي والطوسي ومنتجب الدين ذكروا لها أسانيد كاملة تدلّ على روايتهم إيّاها، أو اطّلاعهم عليها، وهذا أثر توثيقي فائق الاَهمّية، فإذا كانت هذه الكتب مفقودة الآن، فهي ـ آنذاك ـ مشهورة عندهم، وقفوا عليها بأنفسهم، أو رووها كاملة.

مؤرّخون لم يدخلوا في هذا المعجم

لمّا اقتصر هذا المعجم على مؤرّخي الشـيعة ممّن له تصنيف في التاريخ، فقد أسقطنا من الاعتبار عدّة أصناف من أصحاب الاَثر التاريخي