أوّلاً : استقصاء وجمع الشبهات المثارة من داخل الدائرة الإسلامية أو المطروحة من خارجها ، وإجراء دراسة دقيقة بشأنها ، من أجل التوصّل إلىٰ منشأ كلّ شبهة وسيرها التاريخي وتطوّرها ، وقد تمّ هذا الأمر بعد أن أجرىٰ المركز مسحاً ميدانياً لمئات من الكتب القديمة والحديثة ، ونظّمت الشبهات حسب المواضيع وحسب الحروف الهجائية.

ثانياً : تجميع الأدلّة وردّ الشبهات من مصادر المسلمين في مختلف المواضيع العقائدية والمسائل الخلافية ، وترتيبها حسب المواضيع وحسب الحروف الهجائية أيضاً ، مع مراعاة الأقدم فالأقدم في هذه الأقوال ، ليتعرّف الباحث علىٰ منشأ الأدلّة وسيرها التاريخي وتطوّرها بمرور الزمان.

ثالثاً : أعدّ المركز قبل ذلك كلّه فهرسة موضوعية للكتب المختصّة بالعقائد والمعارف العامّة والمسائل الخلافية في بطاقات موزّعة حسب الحروف الهجائية.

وآخر دعوانا أن الحمد لله ربّ العالمين ، وصلّىٰٰ الله علىٰ نبيّنا وحبيب قلوبنا محمّد بن عبد الله ، وعلىٰ أهل بيته الطيّبين الطاهرين.